《Annals of Hematology》：Identification of the Philadelphia-like subgroup in Turkish pediatric patients with acute lymphoblastic leukemia
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Ph-like ALL是B细胞ALL中一种高风险亚型，预后较差，其遗传学背景在不同种族中存在差异。为应对精准诊断的挑战，研究人员在土耳其儿童B-ALL患者中开展了Ph-like亚群的表征研究。他们利用包含96个基因的定制化Panel进行RT-qPCR基因表达谱分析，并结合Archer FusionPlex ALL Panel进行融合基因检测。研究在Ph阴性组中鉴定出2例（6%）Ph-like病例，该Panel显示出96.9%的灵敏度和93.9%的特异性。在Ph-like病例中，发现了PAX5、IKZF1基因的改变以及一个新型的EPOR变异。这项研究为土耳其儿童Ph-like ALL的诊断提供了一种基于基因表达谱的方法，为将靶向酪氨酸激酶抑制剂整合到治疗方案、改善预后和推进个体化管理奠定了基础。
急性淋巴细胞白血病（Acute Lymphoblastic Leukemia, ALL）是儿童中最常见的恶性肿瘤。其中，B细胞急性淋巴细胞白血病（B-cell ALL, B-ALL）占据多数，而费城染色体阳性（Philadelphia chromosome-positive, Ph+）ALL是其中一种经典且高危的类型。不过，科学家的探索并未止步于此。他们发现，在那些“看起来”没有典型费城染色体异常的患者中，竟然存在一部分与Ph+患者拥有惊人相似基因表达谱的病例，这被称为“费城样”（Philadelphia-like, Ph-like）急性淋巴细胞白血病。这个“高仿”亚型同样预示着较差的治疗结果和较高的复发风险，但它没有那个著名的BCR-ABL1融合基因，这使得其诊断和治疗都成了摆在临床医生和科研人员面前的难题。
更复杂的是，疾病的“面孔”会因人群而异。遗传背景、地域和环境等因素都可能影响Ph-like ALL的基因突变图谱。在资源有限的地区，昂贵、高端的基因测序技术难以普及，如何建立一个高效、精准且成本可控的诊断方法，成为改善患者预后的关键一环。这正是《Annals of Hematology》上发表的题为“Identification of the Philadelphia-like subgroup in Turkish pediatric patients with acute lymphoblastic leukemia”的研究所关注的焦点。研究者们将目光投向土耳其的儿童B-ALL患者群体，旨在描绘其Ph-like亚群的分子特征，并评估一种定制化基因表达谱工具在鉴别诊断中的应用价值，以期推动针对这一高危亚型的个性化精准治疗。
为了回答这些问题，研究人员开展了一项横跨2018至2020年的研究。他们收集了35例新诊断、未经治疗的土耳其儿童B-ALL患者的骨髓样本。首先，他们从这些样本中分离了RNA，并使用一个定制设计的、包含96个基因的Panel，通过实时定量聚合酶链式反应（Reverse Transcription Quantitative Polymerase Chain Reaction, RT-qPCR）进行靶向mRNA表达分析，以寻找与Ph+样本相似的基因表达模式。对于那些显示出最高相似率的患者，研究团队进一步采用了Archer FusionPlex ALL Panel（一种基于锚定多重PCR的靶向RNA测序技术）进行融合基因和基因变异的深度评估。在数据分析方面，他们通过比较Ph+组和Ph阴性（Ph-negative）组的基因表达数据，并参考临床和分子特征，开发了一个“相似性算法”来识别Ph-like病例。所有统计分析和可视化均使用专业的生物信息学软件完成。
结果部分详细阐述了研究的发现。在患者临床特征方面，研究最终纳入了35例患者，平均年龄7岁8个月，根据IC-BFM 2009方案，大部分（66.6%）被归为中危组。基因表达分析是研究的核心。通过RT-qPCR分析，研究人员在61个检测到表达的基因中，发现了54个基因的表达谱与Ph+组相似，这些基因被认为是潜在的生物标志物。其中，CRLF2基因在10例可评估患者中全部呈现高表达，这与Ph-like ALL的特征相符。Ph-like相似性算法的开发是本研究的方法学亮点。通过比较基因表达谱，研究确定了4例患者与Ph+组具有最高的表达相似性。基因组表征与Ph-like ALL患者的鉴定进一步明确了诊断。尽管有4例患者表达谱相似，但通过Archer Panel和MLPA（多重连接探针扩增技术）分析确认，其中仅2例（占总样本的6%）携带了Ph-like相关的遗传学改变。为这两例病例设计的定制基因Panel，在检测Ph-like ALL时显示出96.9%的灵敏度和93.9%的特异性。在Ph-like ALL中的激酶改变方面，虽然通过Archer Panel检测到了一些基因重排（如KMT2A-MLLT1），但并未在Ph-like病例中发现ABL类融合。Ph-like ALL患者的序列突变与缺失则揭示了其分子细节。在这两例Ph-like患者中，发现了在PAX5、IKZF1、IL7R、SH2B3、FLT3、KRAS、PTPN11等多个基因中共有的突变。特别值得注意的是，两例患者共有一个新的EPOR变异（rs1312770718），其临床意义未知。此外，在PTPN11基因中发现的一个新型变异（c.238T>C）被生物信息学工具PolyPhen-2预测为“Possibly Damaging”（可能有害）。
在讨论和结论部分，研究强调了本工作的意义与局限。该研究成功地将一种基于基因表达谱的诊断方法应用于土耳其儿童Ph-like ALL的识别，所开发的诊断算法和54基因Panel为后续在该人群中进行风险分层和靶向治疗选择提供了工具。研究发现，土耳其儿童Ph-like ALL的检出率（6%）与部分国际研究报道相符，并鉴定出包括PAX5、IKZF1改变和新型PTPN11变异在内的分子特征，为理解该人群Ph-like ALL的独特遗传背景提供了初步数据。研究也指出，将靶向酪氨酸激酶抑制剂（Tyrosine Kinase Inhibitors, TKI）（如伊马替尼、达沙替尼、鲁索替尼等）整合到治疗策略中，是改善Ph-like ALL患者预后的关键方向。当然，研究也坦承了其局限性，主要是样本量较小（35例），这在一定程度上影响了统计效能和结论的推广性。因此，未来需要通过多中心合作、扩大样本量来验证该诊断Panel的效能，并更全面地描绘土耳其人群Ph-like ALL的分子图谱。总而言之，这项研究为在土耳其乃至类似资源背景的地区，建立针对Ph-like ALL这一高危亚型的、基于基因表达的精准诊断路径迈出了重要一步，为最终实现个体化治疗、提升患儿生存率奠定了科学基础。
