我们于2024年4月在印度尼西亚南加里曼丹省Mentaos松林（3.43467° S, 114.83342° E）采集的土壤中分离出了
Kitasatospora sp. HPM-01-4。尽管
Kitasatospora的基因组已被广泛研究，但印度尼西亚分离株的基因组数据仍然有限（
1）。对40多个
Kitasatospora基因组的先前分析显示，每个基因组平均含有34.1 ± 8.2个次级代谢物生物合成基因簇（
2），表明该属具有显著的生物合成能力。因此，对HPM-01-4进行全基因组测序有助于揭示其生物合成潜力。这种具有生物活性的菌株目前被归类为
Kitasatospora sp.（放线菌）。我们从地表下13厘米处采集了50克土壤，并将其装入50毫升的Falcon试管中，置于冷藏箱中运输。样品在室温下于无菌培养皿中风干7天。将1克干燥的土壤依次用Ringer溶液以1:10和1:1000的比例稀释，然后在55°C下热处理6分钟。每种稀释液取20微升，涂布在放线菌分离琼脂上，并在30°C下培养7天（
3）。从平板培养物中收集菌落，并将其接种到International Streptomyces Project 2 (ISP2)琼脂上，在30°C下培养7天（
4,
5）。从培养物中收集生物量，并将其储存在200微升20 g/L甘油溶液中，置于-20°C下。从在30°C下培养5天（同时以150 rpm摇动）的20毫升ISP2肉汤培养物中获取50至100毫克的细胞沉淀物，从中提取基因组DNA。根据制造商的协议使用ZymoBIOMICS DNA Miniprep Kit纯化基因组DNA，并使用Qubit 4荧光计（Invitrogen）测量其浓度，得到520 ng/μL的结果。对于测序，使用ONT ligation sequencing gDNA Native Barcoding Kit（SQK-NBD114.24；Oxford Nanopore Technologies，英国）按照NBR_9169_v114_revI_15Sep2022协议制备了400 ng的基因组DNA（在ONT文库制备过程中未进行大小筛选），并在PromethION仪器上使用FLO-PRO114M R10.4.1流动池进行测序。碱基调用使用Dorado v0.9.0和dna_r10.4.1_e8.2_400bps_sup@v5.0.0模型完成。ONT测序产生了2.7 Gbp的原始读长，共3.36 M条读段，N50读段长度为1.8 Kbp。读段使用EPI2ME wf-bacterial-genomics工作流程进行组装和注释。组装使用Flye v2.9.6完成（
6），并通过Medaka v2.0.1进行优化（
7）。基因预测和注释使用Prokka v1.13.4完成（
8）。系统发育定位使用GTDB-Tk v2.4.0和GTDB版本220进行（
10），最终将该分离株归类为
Kitasatospora sp.。组装结果包括12个连续体，总长度为9.46 Mbp，N50为9.14 Mbp，平均深度约为289倍。使用CheckM分析评估的基因组完整性为98.48%（
11）。该基因组与
Kitasatospora cystarginea（
GCF_039533515.1）的核苷酸同源性为90.56%。通过注释，我们鉴定出7,811个蛋白质编码基因、72个tRNA和33个rRNA基因。所有连续体的GC含量为72.79%。使用antiSMASH v7.1.0（
12）进行基因组挖掘，在主染色体上发现了51个生物合成基因簇区域，其中包括11个PKS样（聚酮合成酶）区域和16个非核糖体肽合成酶样区域。
