从孟加拉国最近爆发的口蹄疫中分离出的A型血清型病毒的完整基因组序列

《Microbiology Resource Announcements》：Complete genome sequence of a circulating foot-and-mouth disease virus serotype A isolated from recent outbreaks in Bangladesh

本研究完成Bangladesh口蹄疫病毒血清型A分离株BDSH_01的基因组测序，分析显示其与邻近国家近期分离株亲缘关系密切，提示跨境传播。该毒株与现有疫苗株核苷酸一致性较低（91.06%-92.70%），VP1区4个关键氨基酸突变可能影响免疫逃逸，为区域防控策略优化提供依据。

　　

摘要

我们提供了来自孟加拉国的口蹄疫病毒A型分离株BDSH_01的完整基因组序列。该基因组包含8,140个核苷酸，编码一个由2,333个氨基酸组成的多聚蛋白，其中包含保守的序列基序。从系统发育学角度来看，该分离株属于A/ASIA/G-VII谱系，与近期出现的区域流行株聚类，表明存在跨界传播。其与疫苗株的序列差异突显了其流行病学和免疫学意义。

公告

口蹄疫（FMD）影响偶蹄类动物，对农业部门造成严重影响，导致全球范围内巨大的经济损失（1）。这种具有破坏性的跨界疾病的病原体是一种属于Picornaviridae科Aphthovirus属的非包膜单链正链RNA病毒（2）。在孟加拉国，口蹄疫仍然处于地方性流行状态，其中O型最为常见，其次是A型和Asia-1型（3）。对流行分离株进行分子特征分析对于了解病毒进化、追踪跨界传播以及优化疫苗选择至关重要。

在这里，我们描述了从2024年7月在孟加拉国Noakhali（22.867000°N, 91.296743°E）采集的FMDV A型分离株BDSH_01的完整基因组。根据制造商的指南，使用KingFisher mL Purification System和MagMAX Viral RNA Isolation Kit从舌上皮组织中提取了病毒RNA。随后使用Verso cDNA Synthesis Kit（Thermo Scientific）合成cDNA。在对cDNA进行质量检测后，利用Rapid Plus DNA Lib Prep Kit（Illumina）进行了文库构建，包括末端修复、A尾添加、PCR扩增、片段筛选和纯化。最终使用Novogene（北京）的Illumina NovoSeq 6000和PE150平台进行了双端测序，获得了15,845,096条高质量的双端读段。基因组组装和注释工作在Galaxy Europe平台上完成（4），覆盖度达到193倍。原始fastq读段通过一系列处理流程进行质量控制，包括使用Fastp v1.0.1（5）进行质量修剪、使用Bowtie2 v2.5.4（6）进行参考基因组比对、使用SPAdes v4.1.0（7）进行de novo组装、使用RagTag v2.1.0（8进行组装修补，以及使用Prokka v1.14.6（9）进行最终注释。除非另有说明，所有软件均使用默认参数。VP1肽段的系统发育分析和氨基酸比较采用MEGA11软件完成（10）。

该基因组全长8,140个核苷酸，GC含量为54.1%。基因组包含一个1,016个核苷酸的5′非翻译区（UTR），其中包含一个17个核苷酸的poly(C)序列；一个编码2,333个氨基酸的多聚蛋白的开放阅读框；以及一个114个核苷酸的3′ UTR，其后是一个长度≥32个核苷酸的poly(A)尾部。鉴定出了关键序列基序，包括VP1中的2A NPGP结构和整合素结合位点RGD。基于参考序列，使用Geneious Prime（v2025.1.3）对结构蛋白（VP1–VP4）和非结构蛋白（Lpro, 2A–2C, 3A–3D）进行了注释。VP1肽段的系统发育分析将BDSH_01归入A/ASIA/G-VII谱系，并与邻国的近期分离株紧密聚类（3, 11），表明存在持续的跨界传播，而非旧地方性菌株的循环。

重要的是，该分离株与现有疫苗株存在显著遗传差异。BLAST分析（12）显示，其与全球分离株PV524754的核苷酸同一性最高为92.70%。与印度疫苗株HM854025.1和拟定的孟加拉国疫苗株MK088171.1（13相比，其同一性分别为91.18%和91.06%（图1）。此外，VP1区域包含四个可能影响疫苗诱导免疫力的氨基酸替换：N139S、K140Q、S142F和I159V/A148T（位于抗原关键区GH环中）。

图1

图1 该图是通过MEGA11中的邻接连接方法从1,000个重复样本推断出的bootstrap共识系统发育树，展示了所分析分类单元的进化历史。

我们报告了来自孟加拉国的FMDV A型分离株BDSH_01的完整基因组。这些数据突显了该分离株与现有疫苗株之间的遗传差异，并强调了分子流行病学在该地区口蹄疫控制策略中的重要性。

致谢

作者衷心感谢孟加拉国渔业和畜牧业部（MOFL）下属的畜牧业服务部（DLS）的牲畜和乳制品发展项目（LDDP）为该项目提供的资金支持。

本研究得到了LDDP分配给孟加拉国农业大学微生物学与卫生系Md. Alimul Islam教授的项目代码RP-D-03-70的支持。该资金由世界银行向孟加拉人民共和国政府提供的软贷款资助。