基于基因组测序的SSR标记开发与Dalbergia sissoo的群体遗传结构研究：一种优质的硬木树种

《The Nucleus》：Genome survey sequencing-based SSR marker development and population genetic structure of Dalbergia sissoo: a premier hardwood timber species

本研究针对印度次大陆濒危的Dalbergia sissoo玫瑰木，通过基因组测序技术开发SSR分子标记，分析北方和中央印度的种质资源遗传多样性，发现中等遗传多样性（He=0.418）和基因分化（FST=0.118），Bundelkhand地区形成独特基因集群。

摘要

Dalbergia sissoo是红木属中的一种优质木材物种，但在印度次大陆的整个分布范围内其种群数量正在急剧下降。然而，目前对于其保护和管理所需的种群遗传学知识却非常匮乏。本研究旨在利用基因组测序（GSS）方法为D. sissoo开发新的简单序列重复（SSR）标记，并对来自印度北部和中部地区的种质资源进行鉴定。通过下一代测序（NGS）平台，共生成了约7400万个原始读段，从而部分重建了359,272个基因组片段，平均片段长度为3,781 bp。通过对基因组片段的分析，共鉴定出25,596个微卫星重复序列，其中二核苷酸重复序列最为常见，且所有重复序列类别中AT富集的基序都较为普遍。随后为15,614个SSR位点设计了引物对，并通过聚合酶链反应（PCR）验证了其中121个位点的存在。最终有82个SSR位点被成功扩增，其中14个位点表现出多态性。本研究显示，所研究的D. sissoo种质资源的遗传多样性（He = 0.418；Ar = 2.75）和遗传分化程度（F_ST = 0.118）处于中等水平。基于邻接连接法（Neighbour-Joining）、主坐标分析（PCoA）、主成分判别分析（DAPC）和贝叶斯分析的所有聚类方法均表明，印度中部干旱地区（Bundelkhand区域）的种质资源形成了一个独立的遗传群。这些基因组资源及种群层面的研究结果为未来的遗传改良、适应性性状发现和长期保护规划奠定了基础，从而增强了该物种的适应能力，确保了其在原生范围内的可持续利用。