通过自监督学习去噪技术提高结构光显微镜中参数估计的鲁棒性

《Optics and Lasers in Engineering》:Enhancing the robustness of parameter estimation in structured illumination microscopy via self-supervised learning denoising

【字体: 时间:2026年03月02日 来源:Optics and Lasers in Engineering 3.7

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  SIM参数估计低信噪比噪声消除超分辨荧光共振能量转移成像自监督学习

  
罗泽伟|张立新|聂海宇|李旭|王玲芝|吴戈|杨涛|胡勇|陈同生
中国广东省广州市华南师范大学生物光子学院,教育部激光生命科学重点实验室

摘要

结构化照明显微镜(SIM)由于其高时空分辨率和最小的光损伤,已成为观察活细胞中生物过程的广泛采用的技术。准确估计SIM重建参数(包括初始相位和照明频率向量)对于获得无伪影的超分辨率SIM(SR-SIM)图像至关重要,然而在信噪比较低的情况下,这一任务变得具有挑战性。在这项工作中,我们提出了一种基于Noise2Void通道注意力块去噪预处理(N2VCAB-SIM)的SIM参数估计框架。N2VCAB使用自监督学习方法过滤原始SIM图像中的噪声,增强了结构化照明模式特征的保留,从而实现了更稳健的SIM参数估计。我们证明了N2VCAB算法在保持结构化照明模式保真度方面的优越性能,优于其他去噪算法。通过将N2VCAB与现有的SIM参数估计算法结合使用,还验证了参数估计的改进的稳健性。结果表明,平均波矢误差(降低了29%)和平均初始相位误差(降低了49%)。我们进一步将N2VCAB-SIM应用于基于活细胞结构化照明的超分辨率荧光共振能量转移成像(SISR-FRETM),N2VCAB-SIM显著减少了由于参数估计误差导致的SIM重建伪影对定量FRET分析的影响。

引言

超分辨率(SR)显微镜已成为揭示活细胞复杂结构的关键技术[1]。三种主要的SR显微镜类型是刺激发射耗尽显微镜(STED)[2,3]、结构化照明显微镜(SIM)[4,5]和单分子定位显微镜(SMLM)[6],[7],[8]。SIM在时空分辨率方面优于其他SR方法[9]。此外,它需要较低的激发光强度,曝光时间短,光毒性小,特别适合实时动态观察活细胞[10],[11],[12]。近年来,研究人员利用各种SIM技术取得了许多重要发现。通过使用GI-SIM SR成像[13],研究人员发现线粒体模拟可以通过内质网-线粒体相互作用部位开始的动态管状化过程进行传输,这对研究线粒体模拟在相关疾病和衰老中的作用具有重要意义[14]。Hessian-SIM具有快速成像内质网内移动囊泡或环状结构的独特能力,而不会产生运动伪影。它实现了88 nm的时空分辨率,并且以188 Hz的帧率高效运行[9]。Sparse-SIM是另一种值得注意的技术,其分辨率高达60 nm,帧率高达564 Hz,能够成功应对与复杂结构相关的成像挑战,包括小囊泡的融合孔、由核孔蛋白形成的环形核孔以及线粒体膜在活细胞内外的相对运动[15]。
尽管SIM具有这些优势,但在计算图像重建过程中容易产生伪影。高质量的、无伪影的超分辨率重建在很大程度上依赖于重建后算法的准确性,尤其是在参数估计方面,如波矢、初始相位和调制深度[16],[17],[18]。由于实验限制,将实验结果的参数与理论值精确匹配具有挑战性。因此,为了确保重建的准确性,有必要从获得的实验数据中恢复这些参数[19,20]。为了解决这个问题,提出了多种方法,包括非迭代自相关重建(ACR)[20]、图像重组变换(IRT)[21,22]、主成分分析(PCA)[23]、峰值相位方法(POP)[24]和基于迭代的相关性方法(COR)[25,26]。这些方法利用了不同频率点上光谱成分的先验知识来估计照明参数。然而,这些方法通常容易受到噪声的影响,其稳健性会受到信噪比(SNR)的影响。在低SNR条件下,原始SIM图像中包含的大量噪声可能导致参数估计错误,从而在图像重建过程中产生伪影。
近年来,深度学习方法在各种成像任务中显示出巨大潜力,包括在低SNR条件下提高SIM重建的分辨率和质量[27],[28],[29],[30]。深度学习的应用,例如卷积神经网络(CNN),在图像去噪领域取得了更好的效果,如内容感知图像恢复(CARE)[31]、改进显微镜盲点去噪(DecoNoising)[32]和Noise2Void(N2V)[33],与基于数学模型的去噪方法相比[34],[35],[36],[37],[38]。基于自监督学习的深度学习去噪和去模糊技术(DeepBID)成功解决了高速体内成像过程中光学显微镜成像的低SNR和运动伪影问题[39]。ML-SIM使用在合成数据上训练的深度残差网络进行迁移学习,实现了快速、无需参数的重建,并且可以跨不同的成像平台和样本类型进行泛化[40]。另一种方法是合理化深度学习(rDL),它将基于物理的原理整合到去噪过程中,以专门减轻光谱偏差并提高结构保真度[41]。然而,深度学习方法也存在问题。随着噪声强度的增加,深度学习去噪会导致图像质量下降,在高频区域出现明显的模糊和平滑[42,43]。深度学习方法可能会将噪声误认为是信号,从而引入错误信息并产生“幻觉”。因此,应用于超分辨率图像去噪的深度学习算法的保真度仍然值得怀疑。
在这项工作中,我们提出了N2VCAB-SIM,这是一种基于Noise2Void通道注意力块去噪预处理的SIM参数估计框架,它利用自监督学习来抑制低SNR原始SIM图像中的噪声,而无需真实值(GT)数据。N2VCAB-SIM通过其通道注意力机制增强了结构化照明模式特征的保留,从而使SIM参数估计更加稳健,并避免了SR重建图像中错误信号的生成。模拟和实验表明,N2VCAB-SIM在结构相似性指数(SSIM)和峰值信噪比(PSNR)方面优于其他最先进的去噪方法。通过将N2VCAB集成到现有的SIM参数估计程序中,N2VCAB-SIM在具有挑战性的成像条件下表现出改进的参数估计稳健性,并实现了波矢误差平均降低29%和初始相位误差平均降低49%。我们评估了N2VCAB-SIM在低信噪比条件下观察线粒体动态的能力。此外,我们将N2VCAB-SIM应用于基于活细胞结构化照明的超分辨率荧光共振能量转移成像(SISR-FRETM)。这种功能成像场景要求超分辨率重建图像具有高灰度保真度,特别是在低SNR条件下。N2VCAB-SIM显著减少了由于参数估计误差导致的SIM重建伪影对定量FRET分析的影响。

N2VCAB-SIM原理

N2VCAB-SIM方法包括两个步骤(图1a):首先,将原始SIM图像输入N2VCAB进行自监督训练和去噪。从去噪后的帧中估计关键参数,如照明频率和相位。然后,将这些参数应用于原始图像进行超分辨率(SR)重建。这种设计确保学习仅用于去除噪声和保留条纹,而最终重建在定量上保持忠实

讨论

为了在超低SNR条件下提高结构化照明显微镜中参数估计的稳健性,我们提出了一种名为N2VCAB-SIM的新SIM参数估计框架。该框架利用自监督学习和通道注意力机制进行去噪预处理。与现有的去噪方法相比,N2VCAB-SIM在低SNR原始SIM图像中抑制噪声的同时,提高了结构化照明模式信息的保留。

细胞培养、质粒和转染

细胞来自中国上海的国家认证细胞库,Michigan Cancer Foundation-7(MCF-7)细胞在Dulbecco改良Eagle培养基(DMEM,Gibco,纽约,美国)中培养。细胞在37°C的加湿CO2培养箱中维持,CO2浓度为5%,并补充了10%的胎牛血清(FBS,Gibco,纽约,美国)和1%的青霉素-链霉素混合溶液(Leagene,北京,中国)。
编码增强型绿色荧光蛋白的质粒

数据可用性

本研究生成的源图像可在https://dx.doi.org/10.6084/m9.figshare.28924739公开获取。

代码可用性

N2VCAB网络、训练模型以及一些测试用示例代码可在https://github.com/ZLX19041722/N2VCAB公开获取。

资金来源

本研究得到了国家自然科学基金(编号:62135003)、广东省重点领域研发计划(编号:2022B0303040003)和中国博士后科学基金(编号:2025M770823)的资助。

CRediT作者贡献声明

罗泽伟:撰写 – 审稿与编辑,撰写 – 原始草稿,方法学,概念化。张立新:撰写 – 原始草稿,方法学。聂海宇:撰写 – 原始草稿,方法学,数据管理。李旭:软件。王玲芝:软件,方法学。吴戈:实验研究,数据管理。杨涛:软件,实验研究。胡勇:软件,实验研究。陈同生:撰写 – 审稿与编辑,监督,实验研究,资金获取,概念化。

利益冲突声明

作者声明他们没有已知的可能会影响本文所述工作的财务利益或个人关系。
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