来自Rubia cordifolia的双环六肽RA-XXXIII—RA-XXXIX以及环肽cyclorubipeptides B和C的结构

《Tetrahedron》：Structures of bicyclic hexapeptides RA-XXXIII—RA-XXXIX and cyclic peptides cyclorubipeptides B and C from Rubia cordifolia

【字体：大中小】 时间：2026年03月03日 来源：Tetrahedron 2.2

编辑推荐：

　　本研究从R. cordifolia根部分离并鉴定了7个新型RA系列双环六肽（RA-XXXIII至RA-XXXIX）及2个环六肽（B、C），通过质谱和核磁共振分析结合化学相关性确认结构，其中RA-XXXIII等5个化合物通过部分合成获得。新化合物对HL-60细胞半抑制浓度（IC50）为0.26-89 μM，显著弱于RA-VII（0.0039 μM）。

东京药科大学药学院，东京八王子市堀之内1432-1，邮编192-0392

摘要

从Rubia cordifolia L.的根中分离出了7种先前未报道的RA系列双环六肽（RA-XXXIII至RA-XXXIX），以及两种结构相关的环状六肽（cyclorubipeptides B和C），同时还分离出了23种已知的环状肽。这些新化合物的结构最初通过高分辨率ESIMS、红外光谱（IR）、¹H和¹³C核磁共振（NMR）以及二维NMR光谱进行分析确定。随后通过化学关联和部分合成方法确定了它们的绝对构型和完整结构。RA-XXXIII、RA-XXXIV、RA-XXXVI、RA-XXXVIII和RA-XXXIX分别是从RA-I、RA-XXIV、[de-O-methyl-Tyr-6]RA-IV、RA-XXI和RA-XXVII通过部分合成获得的。RA-XXXV通过与RA-XXXVI的酸促转化显示出化学关联，而RA-XXXVII则通过与[Gly-2]RA-VII的-O-甲基化反应显示出化学关联。cyclorubipeptides B和C通过与-O-seco-RA-V的化学关联确定了其绝对构型。这些新肽对HL-60细胞表现出细胞毒性，IC₅₀值介于0.26至89 μM之间，明显低于RA-VII（IC₅₀ = 0.0039 μM）。

引言

RA-VII（1）是一种最初从Rubia cordifolia L.和R. argyi (H.Lév. & Vaniot) H.Hara>的根中分离出的双环六肽。它由两个L-丙氨酸、一个D-丙氨酸、一个N,O-二甲基-L-酪氨酸和一个独特的环状异酪氨酸部分组成，其中C末端N-甲基-L-酪氨酰-N,O-二甲基-L-酪氨酸单元的ε-碳与N末端酪氨酸的酚氧形成醚键，形成了一个特征性的14元环结构1, 2。RA-VII（1）具有强抗肿瘤活性，此前在日本已经进行了I期临床试验3, 4。其细胞毒性被认为源于通过与80S核糖体的相互作用抑制蛋白质合成5, 6。进一步的研究表明，1还能抑制真核生物的翻译延伸因子2（eEF2）[7]并通过改变F-肌动蛋白的构象诱导G2期细胞周期停滞[8]。从R. cordifolia中分离出了多种RA-VII类似物2, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18以及相关分类群19, 20, 21和其他茜草科植物22, 23。对这些类似物的细胞毒性进行比较评估，为这一肽类的结构-活性关系提供了重要见解24, 25。我们之前曾报道从R. cordifolia的根中分离出两种新的相关肽：allo-RA-V和neo-RA-V[26]。

在本研究中，我们扩展了对R. cordifolia根的探究，以发现更多次要的RA型成分，旨在深入了解这类肽的细胞毒性结构-活性关系，这可能有助于合理设计具有更好生物特性的合成类似物。

通过对富含RA的组分（26, 27）的进一步分离，我们分离并阐明了7种新的RA肽（RA-XXXIII（2）至RA-XXXIX（8），以及两种新的环状肽（cyclorubipeptides B（9）和C（10），同时还分离出了23种已知的环状肽。这些新分离化合物对HL-60细胞的细胞毒性也进行了评估。

章节摘录

肽的分离

从R. cordifolia干燥根（50公斤）中提取的甲醇溶液经过Diaion HP-20柱色谱分离，并依次用H₂O/MeOH（1:0, 1:1, 0:1）和丙酮进行洗脱，得到了四个组分。随后在硅胶、活性炭和氨基丙基键合硅胶上使用不同的溶剂系统进行柱色谱分离，得到了两个富含RA型肽的组分。其中一个组分结晶后得到了晶体。

结论

在这项研究中，我们从Rubia cordifolia的根中分离出了7种新的RA系列双环六肽（RA-XXXIII（2）至RA-XXXIX（8），以及两种结构相关的环状六肽（cyclorubipeptides B（9）和C（10），同时还分离出了23种已知的环状肽。这些新肽的结构通过高分辨率质谱（MS）和全面的NMR分析得到确定，它们的完整立体结构（包括相对和绝对构型）也得到了明确。

一般实验程序

熔点是在Yanaco MP-3仪器上测定的，未经校正。旋光度是在JASCO P-1030数字旋光仪上测量的。红外光谱是在JASCO FT/IR-410光谱仪上记录的，紫外光谱是在JASCO V-530分光光度计上获得的。核磁共振光谱是在JEOL JNM-ECZ600R、Bruker AV-600或AVANCE III HD 500光谱仪上，在CDCl₃或CD₃OD溶剂中、300 K条件下记录的。¹H化学位移在CDCl₃或CD₃OD中的参考标准是残余CHCl₃（δ7.26 ppm）或CD₂

CRediT作者贡献声明

竹谷康一：监督、资源提供。佐藤宏人：研究。伊藤昭弘：撰写——初稿、研究。深谷晴彦：研究。波津田智代：研究。尹英淑：研究。一都柳幸男：撰写——审稿与编辑、撰写——初稿、项目管理、方法学、研究。草野純一：撰写——初稿、研究。渡边步美：撰写——初稿、研究