北达科他州立大学兽医诊断实验室提供的沙门氏菌都柏林菌（Salmonella Dublin）的基因组草图

《Microbiology Resource Announcements》：Draft genomes of Salmonella Dublin from North Dakota State University veterinary diagnostic laboratory

26株牛源都柏林血清型沙门氏菌通过Illumina短读和PacBio长读混合测序策略完成基因组测序，使用Unicycler工具组装得到平均52.15 GC%、99.55%完整性的去核苷酸组装体。

　　

摘要

我们报告了从北达科他州立大学兽医诊断实验室收到的临床病例样本中分离出的26个高质量的Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin的基因组草图。这些基因组是通过从头组装（de novo assembly）方法获得的，包含2到12个contig，平均GC百分比为52.15%，完整性为99.55%。

公告

Salmonella enterica serovar Dublin是一种具有临床意义的牛病原体，也是在美国奶牛场中最常分离出的血清型之一（1）。通过基因组分析可以更好地理解其传播动态和病原体进化。为此，我们从提交给北达科他州立大学（NDSU）兽医诊断实验室的全基因组测序样本中鉴定了26株S. Dublin菌株。

样本是在常规诊断调查中收集的。培养方法是将组织或粪便直接接种到含有羊血和Tergitol 7琼脂（Hardy Diagnostics, USA）以及四硫代硫酸盐肉汤（Remel, Thermo Fisher, USA）的培养基上，在35°C下进行需氧培养24小时。如果24小时后未检测到Salmonella，则将四硫代硫酸盐肉汤转种到Tergitol 7琼脂和XLT-4（木糖-赖氨酸-Tergitol 4；Hardy Diagnostics, USA）琼脂上，并继续进行培养。在Tergitol 7琼脂上出现的红色菌落以及在XLT-4琼脂上出现的粉黄色或黑色菌落通过基质辅助激光解吸离子化飞行时间质谱（Bruker Biotyper, Bruker Daltonics, USA）技术进行鉴定。国家兽医服务实验室（Ames, IA）进行了血清型鉴定，并确认这些分离株为S. Dublin（2）。宾夕法尼亚州立大学负责测序前的样本准备、分析和组装工作，具体流程如下。

从肉汤培养物（BHI；RPI Corp, USA）中提取DNA，该培养物是从冷冻菌株接种并在37°C下过夜培养得到的，提取方法详见表1（https://github.com/sophiakenney/ndsu_dublin_mra/blob/main/Table1.xlsx），具体操作按照制造商提供的说明书进行。文库制备工作由Novogene Corporation Inc（Sacramento, USA）完成，包括DNA随机剪切、接头连接、片段大小选择、PCR扩增和测序（详见表1，https://github.com/sophiakenney/ndsu_dublin_mra/blob/main/Table1.xlsx）。对于长读长测序，DNA提取方法同样按照表1中的制造商说明进行（https://github.com/sophiakenney/ndsu_dublin_mra/blob/main/Table1.xlsx）。每个样本的独特索引SMRTbell模板被创建后按等摩尔浓度混合用于测序（表1，https://github.com/sophiakenney/ndsu_dublin_mra/blob/main/Table1.xlsx）。随后进行了剪切和片段大小选择。

对于Illumina测序数据，序列质量评估方法如前所述（3）。PacBio原始读长数据使用pbtk（v3.5.0）软件转换为FASTQ格式（4），然后进行质量评估。测序深度是通过使用S. enterica Typhimurium LT2参考菌株进行短读长和长读长的过滤来确定的（5）。混合基因组是通过Unicycler（v0.5.0）软件在正常模式下从头组装的（6）。在提交和注释之前，使用QUAST（v5.2.0）（7）和CheckM（v1.2.2）（8）软件对组装质量进行了评估（9）。所有样本的元数据、测序准备和结果、组装及注释细节均记录在表1中（https://github.com/sophiakenney/ndsu_dublin_mra/blob/main/Table1.xlsx）。

致谢

本研究部分得到了美国农业部、国家食品与农业研究所内部研究计划、多州Hatch项目（项目编号7007417）、国家食品与农业研究所及Hatch拨款项目（项目编号PEN04752和PEN04731，编号分别为1023328和1022444）的支持，以及USDA APHIS NBAF科学家培训计划（NSTP）（AP23VSD&B000C001）的资助。

我们感谢Sarah Gefroh帮助恢复本研究中使用的细菌菌株，同时也感谢Huck研究所的基因组核心设施（RRID SCR_023645）提供的PacBio测序服务。