(diaminomethylidene)sulfonium picrate的结构与超分子特性:来自晶体学和相互作用能分析的见解

《Journal of Molecular Structure》:Structural and supramolecular features of (diaminomethylidene)sulfonium picrate: insights from crystallography and interaction energy analysis

【字体: 时间:2026年03月06日 来源:Journal of Molecular Structure 4.7

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  单晶X射线衍射证实由硫脲与 picric acid 在酸性条件下反应生成 (diaminomethylidene)sulfonium picrate(DSP),其晶体结构包含三重对称的硫代硫酸盐离子与硝基苯酚酸根阴离子通过N–H···O、S–H···O及C–H···O氢键形成三维超分子框架。DFT计算验证了实验结构并揭示了电荷分布特征。

  
A. Aditya Prasad | S.P. Meenakshisundaram
化学系,CMR技术校区,Kandlakoya,Medchal,Secunderabad

摘要

通过缓慢蒸发溶液获得了(diaminomethylidene)sulfonium picrate的单晶。通过单晶X射线衍射确定了其晶体结构,发现该化合物由一个(diaminomethylidene)sulfonium阳离子和一个2,4,6-trinitrophenolate阴离子组成,属于单斜空间群C2/c。晶体堆积通过N–H···O、S–H···O和C–H···O氢键相互作用网络稳定,这些相互作用将离子组织成一个三维的超分子框架。Hirshfeld表面分析和二维指纹图用于可视化和量化分子间接触,结果表明O···H和H···O相互作用对晶格稳定起主导作用。通过粉末X射线衍射验证了块状材料的相纯度,而扫描电子显微镜则提供了晶体形态的信息。密度泛函理论计算用于支持实验观察到的结构,并帮助解释振动和电子特性。结果表明,在酸性条件下,含硫前体的质子化和结构重排会导致基于sulfonium的picrate盐的形成,这突显了晶体学分析在准确结构鉴定中的重要性。

引言

苦味酸(2,4,6-trinitrophenol)是一种高度缺电子的芳香化合物,容易与各种有机供体形成盐和电荷转移复合物[1]。三个强吸电子的硝基以及一个酚氧原子赋予苦味酸阴离子显著的酸性,并在固态下促进强静电和氢键相互作用[2]。大量研究表明,即使有机供体的性质或其质子化状态发生微妙变化,也会导致基于苦味酸的晶体中的晶体堆积模式和分子间相互作用模式发生显著差异[[3], [4], [5], [6]]。
在有机阳离子中,含硫物种因其高极化率和稳定正电荷的能力而占据独特地位[4]。特别是sulfonium阳离子具有特征性的电子特性和强静电相互作用,能够有效参与氢键辅助的离子组装。当与苦味酸等多功能阴离子结合时,sulfonium阳离子可以生成通过库仑力和定向非共价相互作用平衡稳定的复杂超分子结构[[7], [8], [9]]。尽管具有这些有利属性,但在文献中报道的含硫基苦味酸盐相对于铵盐和胺盐来说仍然相对较少[[10], [11], [12], [13], [14], [15], [16], [17], [18], [19], [20], [21], [22], [23], [24], [25]]。
硫脲是一种众所周知的含硫有机分子,易于参与氢键形成,并已在晶体生长研究中得到广泛应用。在本研究中,选择硫脲作为简单的、结构灵活的含硫供体来研究苦味酸体系中的质子转移行为和超分子组装。研究目的并非特意针对sulfonium物种,而是探索硫脲-苦味酸体系在酸性条件下的结构结果。硫脲与强酸(包括苦味酸)的反应已在光学、热学和超分子研究中得到广泛研究[26,27]。然而,一些早期报告将硫脲和苦味酸形成的结晶产物称为“thiourea picrates”,但没有单晶X射线衍射的证据支持,主要依赖于化学计量考虑或光谱特征进行结构鉴定[28,29]。后续的晶体学研究表明,在这类系统中,质子转移优先发生在氮原子上而非硫原子上,形成了thiouronium-picrate盐或金属配位的thiourea picrate复合物,没有证据表明存在S-质子化的硫脲物种[30,31]。这种做法可能会产生误导,因为已知硫脲在强酸性条件下会发生质子化和结构重排,生成与中性硫脲根本不同的物种。
因此,单晶X射线衍射仍然是解决这类歧义的最可靠技术,因为它可以直接确定晶体晶格中存在的离子物种的身份。结构研究进一步表明,硫脲与强酸的反应可能产生sulfonium型阳离子,而不仅仅是简单的质子化硫脲单元,这突显了基于结构的命名和解释在晶体化学中的重要性[[32], [33], [34]]。在这种情况下,如果在没有晶体学验证的情况下继续使用“thiourea picrate”这一术语,会在文献中造成结构上的模糊性,因此需要明确基于结构的硫脲-苦味酸体系的澄清。尽管本研究中使用了硫脲作为起始材料,但单晶X射线衍射显示结晶出的物种并非thiourea picrate。实际上,硫脲在酸性条件下发生质子化和结构重排,形成(diaminomethylidene)sulfonium阳离子,与2,4,6-trinitrophenolate阴离子结合形成标题中的盐。这一晶体学澄清非常重要,因为一些早期报告将硫脲-苦味酸产物称为“thiourea picrates”[28,29],主要是基于光谱和粉末衍射数据,而没有进行完整的单晶结构测定,而后续的结构解析研究表明在强酸性条件下会发生质子诱导的重排,形成不同的离子物种[31]。
因此,本工作报告了(diaminomethylidene)sulfonium picrate (DSP)的合成和明确的晶体学表征。单晶X射线衍射确定了该盐的精确离子组成和超分子结构,消除了与硫脲-苦味酸系统相关的结构歧义。通过粉末X射线衍射验证了相纯度,并通过扫描电子显微镜检查了晶体形态。Hirshfeld表面分析和指纹图用于量化分子间接触,能量计算用于将DSP的稳定性与相关苦味酸盐进行比较。在B3LYP/6-311+G(d,p)水平上进行的密度泛函理论计算支持了实验几何结构和振动分配,并提供了关于电子结构和电荷分布的见解。这些分析共同提供了基于结构的、能量上合理的含硫基苦味酸的描述。

材料

硫脲和苦味酸从商业供应商处购买,使用前无需进一步纯化。合成和结晶过程中使用的所有溶剂均为分析纯度。

合成与晶体生长

(diaminomethylidene)sulfonium picrate (DSP)是通过硫脲与苦味酸以1:1摩尔比反应获得的(方案1)。两种成分在室温下连续搅拌的同时溶解在乙醇-水混合溶剂系统(1:1, v/v)中,直至形成澄清均匀的溶液

晶体结构描述

DSP的非对称单元由一个(diaminomethylidene)sulfonium阳离子和一个2,4,6-trinitrophenolate阴离子组成,证实了该晶体材料的离子性质。图2展示了分子组分的ORTEP图,其中位移椭球体表示50%概率水平下的结构。
阳离子中的硫原子呈现出三角锥形配位环境,与一个三配位的sulfonium中心一致,该中心带有一个碳取代基和一个氢原子

结论

通过缓慢蒸发获得了(diaminomethylidene)sulfonium picrate的单晶,并通过单晶X射线衍射进行了明确的表征。结构分析证实,该产物是一种离子型质子转移盐,由一个离散的(diaminomethylidene)sulfonium阳离子和一个2,4,6-trinitrophenolate阴离子组成,而不是中性的硫脲衍生物。这一区别为之前描述的硫脲-苦味酸体系提供了晶体学上的澄清

数据可用性

CCDC 2530453包含了本文的补充晶体学数据。这些数据可以从剑桥晶体学数据中心免费获取。

CRediT作者贡献声明

A. Aditya Prasad:撰写——审稿与编辑,撰写——初稿,可视化,数据管理,概念化。S.P. Meenakshisundaram:指导,软件使用,资源获取,资金争取。
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