《Modern Pathology》：Comprehensive Cytogenomic Profiling of T-Lymphoblastic Leukemia by Optical Genome Mapping, Karyotyping and Next Generation Sequencing
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光学基因组映射联合核型分析及测序技术系统研究91例T-ALL病例，发现OGM检测异常核型占比97.8%，较传统核型（55%）更敏感，并识别24个已知重排及21个新发基因融合，揭示不同亚型（ETP/近ETP、皮质型）的特异性突变谱（如BCL11B重排、DNMT3A突变等），为精准分型及预后评估提供新依据。
唐桂林|亚历山德拉·雷诺兹|法拉德·拉瓦尼-卡沙尼|L. 杰弗里·梅代罗斯|史蒂文·M·科尔恩布劳|埃利亚斯·约瑟夫·贾布尔|尼廷·贾因|尼古拉斯·J·肖特|胡世民|魏青|萨南·洛加维|奥克智英|托鲁内尔·戈克切|凌建华|梁思辰|维尔玛·坦维|邹英森|王莎
德克萨斯大学MD安德森癌症中心血液病理学系，休斯顿，德克萨斯州
摘要
在这项研究中，我们使用光学基因组映射（OGM）、常规核型分析和下一代测序（NGS）技术分析了91例T淋巴母细胞白血病/淋巴瘤（T-ALL）患者的细胞基因组改变。虽然核型分析在55%的病例中检测到了异常核型，但OGM在97.8%的病例中识别出了细胞遗传学异常，并在大约70%的病例中提供了超出核型分析范围的临床相关信息。OGM在80%的病例中检测到了基因重排，包括24例复发的基因融合和21例先前未报道的潜在基因融合。93%的病例中检测到了拷贝数变异，其中间质缺失最为常见。93%的病例中检测到了基因突变，其中NOTCH1突变最为频繁（占57%的病例）。综合所有数据，大多数T-ALL病例存在三种或更多种细胞基因组异常。不同T-ALL亚型的具体细胞基因组改变有所不同：BCL11B和PICALM::MLLT10的重排、7p染色体的缺失以及涉及DNMT3A、WT1、TET2、IDH2和FLT3的突变在早期T前体（ETP）和近ETP亚型中较为常见。TLX1、KMT2A、STIL::TAL1和NUP214::ABL1的重排、9p染色体的缺失以及FBXW7突变则与皮质亚型密切相关。我们得出结论，将OGM和NGS与核型分析相结合能够实现对T-ALL的全面细胞基因组分析，提高临床相关基因组改变的检测率，并有助于疾病分类和未来的风险分层研究。
部分内容
引言
T淋巴母细胞白血病/淋巴瘤（T-ALL/LBL）约占儿童急性淋巴细胞白血病（ALL）的15%，成人急性淋巴细胞白血病的25%。[1] 传统上，T-ALL主要根据免疫表型特征进行分类，这些特征对应于正常胸腺内T细胞成熟的各个阶段，即pro-T、pre-T、皮质和髓质阶段。[2] 许多pro-T和pre-T病例符合早期T前体（ETP）ALL的标准，这是一种生物学上不同的亚型。
患者
本研究纳入了91名T-ALL患者，这些患者于2016年3月1日至2025年11月30日期间在MD安德森癌症中心和约翰霍普金斯大学医学院接受治疗。临床病理学和实验室数据通过电子病历审查收集。本研究已获得机构审查委员会的批准，并遵循了《赫尔辛基宣言》的指导原则。
常规核型分析和荧光原位杂交（FISH）
对骨髓（BM）进行了常规的G带染色体分析。
患者
本研究共纳入91名T-ALL患者，其中57名为未经治疗的新诊断病例，34名为难治性/复发性（R/R）T-ALL病例。79名（87%）患者为成人，12名（13%）患者年龄小于18岁。详细的人口统计数据列在补充表S2中，并在表1中进行了总结。
本研究中的所有患者（除一名外）均伴有骨髓受累。大多数患者还伴有外周血和淋巴结受累。其他常见的受累部位包括……
讨论
本研究采用OGM、核型分析和NGS相结合的综合方法，对T-ALL进行了全面的细胞基因组特征分析。部分OGM结果通过FISH和/或RNAseq得到了进一步验证。
与先前的研究一致，常规G带核型分析在该队列中存在显著局限性。约一半的病例显示核型正常或细胞遗传学分析失败，这主要是由于中期细胞数量不足以及隐匿性染色体的存在。
致谢
作者感谢Bionano Genomics在MDACC开展临床OGM测试过程中提供的技术支持。
