Litopenaeus vannamei的全基因组选择特征：通过选定的基因区域将种群分化与后代对氨/pH胁迫的耐受性联系起来

《Aquaculture International》：Whole-genome selection signatures in Litopenaeus vannamei: linking population differentiation through selected regions to the tolerance of ammonia/pH stress in offspring

本研究通过杂交六个性状差异凡纳滨对虾群体，结合全基因组重测序和适应性进化分析，揭示了群体特异性选择区域及核心应激基因（如Vang和Coq8），为遗传资源优化和抗逆育种提供了依据。

　　

摘要

Litopenaeus vannamei是全球水产养殖中的关键物种，具有出色的生长能力和适应性，因此在虾类养殖中占据核心地位。随着遗传改良的不断推进，L. vannamei种群的基因组特征也在持续演变。为了明确其遗传状况，我们利用重测序数据和环境因素分析了选择信号，识别出适应性基因组区域。在本研究中，通过杂交六个L. vannamei种群（两个本地种群和四个引入种群）产生了后代。这些后代被置于氨氮和低pH值的环境中，并根据其在压力下的存活时间被分为不同组别。我们对六个原始种群及压力组（共320个个体）进行了全基因组重测序。经过质量控制后，获得了17,104,219个高质量的SNP（单核苷酸多态性）。通过多参考种群轮换方法，我们利用F_st和θπ比率分析确定了六个L. vannamei种群中的种群特异性选择区域。功能富集分析揭示了多个跨功能模块和在各个种群中保守的基因。这种分布表明，L. vannamei的适应性进化既包括种群分化，也包括核心通路的保守。进一步结合F_st、θπ比率和XP-CLR等多种方法的分析，在受压种群中发现了356个（氨氮相关）和370个（低pH值相关）候选基因。经过GO/KEGG注释、选择信号筛选和ROH（重复序列插入）检测后，确定了五个核心应激响应基因，包括和。对L. vannamei种群进行的全基因组选择信号分析揭示了关键的功能基因，从而丰富了遗传资源，促进了新品种的培育。

Litopenaeus vannamei是全球水产养殖中的关键物种，具有出色的生长能力和适应性，因此在虾类养殖中占据核心地位。随着遗传改良的不断推进，L. vannamei种群的基因组特征也在持续演变。为了明确其遗传状况，我们利用重测序数据和环境因素分析了选择信号，识别出适应性基因组区域。在本研究中，通过杂交六个L. vannamei种群（两个本地种群和四个引入种群）产生了后代。这些后代被置于氨氮和低pH值的环境中，并根据其在压力下的存活时间被分为不同组别。我们对六个原始种群及压力组（共320个个体）进行了全基因组重测序。经过质量控制后，获得了17,104,219个高质量的SNP（单核苷酸多态性）。通过多参考种群轮换方法，我们利用F_st和θπ比率分析确定了六个L. vannamei种群中的种群特异性选择区域。功能富集分析揭示了多个跨功能模块和在各个种群中保守的基因。这种分布表明，L. vannamei的适应性进化既包括种群分化，也包括核心通路的保守。进一步结合F_st、θπ比率和XP-CLR等多种方法的分析，在受压种群中发现了356个（氨氮相关）和370个（低pH值相关）候选基因。经过GO/KEGG注释、选择信号筛选和ROH检测后，确定了五个核心应激响应基因，包括和。对L. vannamei种群进行的全基因组选择信号分析揭示了关键的功能基因，从而丰富了遗传资源，促进了新品种的培育。