在美国和牙买加采集的蜜蜂中，Apis mellifera 细丝病毒的遗传多样性

蜜蜂丝状病毒（AmFV）基因组测序发现独特倒位易位，美国和牙买加样本显示三基因型（I, II, III）地理分布差异显著。

　　

摘要

蜜蜂丝状病毒（Apis mellifera filamentous virus，简称AmFV）是一种大型丝状病毒，其基因组为约500 kb的双链DNA，主要存在于蜜蜂及其他少数有翅昆虫中。自该病毒首次被发现以来（近50年前），仅有少数近乎完整的AmFV基因组被测序。作为蜜蜂病毒筛查工作的一部分，研究人员利用基因特异性引物识别出了AmFV的基因组区域。在此研究中，我们从美国采集的蜜蜂中组装出了一个完整的AmFV基因组，该基因组与先前发表的AmFV基因组之间的基因组相似度为94.4%-96.4%。与公共数据库中的其他AmFV基因组相比，这个基因组存在一个独特的变异：一个约11,000 bp的基因组区域发生了倒位和易位。除了组装完整基因组外，我们还使用DNA聚合酶基因特异性引物对250只美国蜜蜂、20只Nomia独居蜂样本以及120只牙买加蜜蜂进行了AmFV检测。在美国采集的Nomia独居蜂中，AmFV感染率为20%；而在美国不同地点采集的蜜蜂样本中，感染率介于0%到80%之间；在牙买加的两个地点，感染率则为13.3%到58%。通过对DNA聚合酶序列的分析（本研究中有84个样本，其他研究中也有43个样本），我们确定了三种具有系统发育支持性的基因型（I、II、III）。基因型I主要存在于法国和美国的样本中；基因型II的分布范围较广，可在孟加拉国、中国、韩国、塞浦路斯、匈牙利、瑞士和美国的样本中检测到；基因型III则出现在南非、牙买加、阿根廷和美国的样本中。因此，这三种AmFV基因型均在美国的蜜蜂中存在。为了更深入地了解AmFV的起源、多样性和宿主范围，有必要加强对各种传粉昆虫以及寄生在蜜蜂身上的Varroa螨的监测。此外，由于现有的AmFV基因组都属于基因型II，并且我们在该病毒基因组中发现了大规模的易位/重排现象，因此需要进一步测序更多基因组以阐明AmFV多样性的成因。