一种用于检测中性粒细胞明胶酶相关脂钙素的电化学适配体传感器,该传感器采用了基于计算机模拟设计的适配体

【字体: 时间:2026年03月13日 来源:Microchemical Journal 5.1

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  本研究针对急性肾损伤(AKI)早期诊断中尿NGAL检测的挑战,通过计算模拟设计高亲和力aptamer,并构建电化学aptasensor,实现低检测限(1.17 ng/mL)和高灵敏度检测,为低成本、快速诊断提供新方法。

  
王浩天|毛新月|张学智|王永中|金晓峰

摘要

急性肾损伤(AKI)的早期检测至关重要,因为及时干预和治疗有助于防止进一步的肾损伤。中性粒细胞明胶酶相关脂质运载蛋白(NGAL)已成为尿液中AKI的一个有前景的非侵入性生物标志物。然而,由于需要昂贵的试剂,目前的NGAL检测方法尚未在临床实践中得到广泛应用。为了解决这一挑战,我们开发了一种新型电化学适配体传感器,使用计算设计的适配体来特异性和敏感地检测NGAL。采用基于计算机模拟的工程策略,通过结构模拟、截短、虚拟筛选和分子对接等方法,合理设计和优化了NGAL结合适配体。所选适配体(Apt-278A)的表观解离常数(Kd)通过紫外-可见光谱法估计为9.63 μM,其纳摩尔级别的结合亲和力通过微尺度热泳(MST)进一步验证。随后,我们利用亚甲蓝标记的信号机制和电聚合修饰电极开发了一种电化学适配体传感器来检测NGAL。该生物传感器表现出优异的分析性能,线性检测范围为1.0至500.0 ng/mL,检测限低至1.17 ng/mL。所提出的适配体传感器具有高灵敏度、抗干扰能力和良好的重复性,表明其在NGAL的快速准确检测方面具有显著潜力。本研究展示了计算适配体设计与电化学传感技术的成功结合,为NGAL检测提供了一种成本效益高、快速可靠的方法。

引言

急性肾损伤(AKI),以前称为急性肾衰竭,是一种常见的临床危急疾病,发病率很高。其特征是肾功能突然丧失,尿量少于0.5 mL/kg/h且持续超过6小时[1]。临床症状包括血清中尿素氮和肌酐的持续升高以及盐分失衡。普通患者的AKI发病率为5%至7%,而在危重患者中可高达30%,相关死亡率约为50%[2]。目前,血清肌酐是最常用的AKI诊断生物标志物。然而,它只有在肾功能不可逆受损时才会升高。血清肌酐被认为是一个不可靠的指标,因为它受到非肾脏相关因素的影响,在血清肌酐水平升高之前,肾功能通常已经下降了约50%[3]。因此,迫切需要探索新的生物标志物以早期诊断AKI,从而提高AKI患者的治愈率和生存率。
中性粒细胞明胶酶相关脂质运载蛋白(NGAL),也称为脂质运载蛋白-2,属于脂质运载蛋白家族。它是由中性粒细胞合成并在炎症和组织损伤时释放的蛋白质[4],[5]。NGAL的分子量为25 kDa,由178个氨基酸组成[6]。近年来,研究表明NGAL是诊断急性肾损伤(AKI)和早期糖尿病肾病最有效的生物标志物之一[9],[10]。研究显示,在手术或与炎症相关的肾小管上皮细胞损伤情况下,血液和尿液中的NGAL水平会迅速升高[7],[8]。健康个体的NGAL水平相对较低,通常≤0.7 ng/mL[11]。肾损伤后两小时内可以检测到尿液中NGAL水平的升高,在此阶段,损伤仍然是可逆的。因此,监测NGAL水平有助于早期发现肾损伤并评估其严重程度,这对改善AKI的诊断和预后以及评估治疗效果具有重要意义[12],[13]。
NGAL可以在血浆或尿液中检测到[14]。尿液NGAL(uNGAL)特别有前景,因为尿液可以由患者自行以非侵入性方式收集[15]。此外,收集后的尿液样本不需要特殊处理。与血液相比,尿液中的潜在干扰蛋白质较少[16],[17]。所有这些特性使得尿液成为开发分布式传感策略的更理想样本。
酶联免疫吸附测定(ELISA)一直是常用的NGAL浓度测定方法[20],[21]。市场上有多种针对急性肾损伤(AKI)诊断设计的NGAL免疫测定试剂盒。例如,Alere Triage NGAL试剂盒在测量全血或尿液样本中20至200 ng/mL范围内的NGAL浓度时,检测限不超过10 ng/mL[22]。然而,这些检测方法通常涉及复杂的实验程序并且需要昂贵的试剂。
近年来,由于电化学技术具有操作简单、成本低、灵敏度高和便携性等优点[18],[19],在检测不同生物靶标方面受到了广泛关注。鉴于开发NGAL电化学传感器有助于促进AKI的诊断,显然仍然需要先进高效的NGAL检测传感器。这种需求源于在AKI研究和临床实践中对更准确、快速和便捷的诊断方法的追求。
功能性核酸,如核酸适配体,能够以高亲和力和特异性结合目标,具有高稳定性、低成本、结构可定制性和序列可编程性等额外优势[23],[24]。它们已被广泛应用于生物传感、治疗、生物成像和纳米技术领域。在计算机模拟的指导下,生物受体-配体相互作用的分析得到了显著改进,为更合理和高效的适配体定制铺平了道路。例如,在Xu等人的研究中[29],在计算机模拟的指导下,原始的80个核苷酸长的黄曲霉素1 AFB1适配体首先被截短至最短的有效结构13个核苷酸。通过碱基突变、删除和添加确定了关键结合域,并通过适配体融合来优化多功能性。基于BiApt中AFB1和硫黄素T之间的竞争性结合,设计了一种新型的无标记比色荧光适配体传感器。
通过使用计算机模拟基于已知NGAL蛋白结构和已知NGAL适配体之间的相互作用来筛选NGAL适配体序列,可以开发出更精确和特异的检测方法。这种方法可以提高检测的灵敏度和选择性,使其在生物样本中检测NGAL时更加可靠[28]。
在NGAL的检测中,功能性核酸与电化学传感器的结合具有多种优势[27]。在这项研究中,我们采用了一种基于计算机模拟的工程策略,包括四个系统且明确的步骤,以合理有效地定制NGAL适配体:1)原始适配体的计算机模拟;2)通过计算机引导的合理截短确定最小结合基序;3)使用基于计算机的方法进行虚拟筛选;4)通过分子对接和验证寻找优化的适配体。基于选定的适配体,我们结合了功能性核酸和电化学传感器的优点,构建了一种电化学适配体传感器。最终,使用生成的适配体构建了一种新型适配体传感器,实现了NGAL的快速、灵敏和低成本检测。

材料与试剂

所有寡核苷酸均由上海桑贡生物科技有限公司合成,序列列在表1和表2中。NGAL蛋白购自上海诺普罗汀科技有限公司,NGAL抗体(Ab)从上海Abmart公司订购。磷酸盐缓冲盐水(PBS)用于制备反应缓冲液,牛血清白蛋白(BSA,纯度>98%)购自北京Solarbio公司。亚甲蓝(MB,纯度

基于计算机模拟的NGAL适配体筛选

使用HDOCK网络服务器进行了Apt340与NGAL之间的分子对接模拟,其中Apt340作为受体,NGAL作为配体。随后,通过DiscoveryStudio可视化软件对对接模型进行了可视化,从而详细分析了适配体与目标之间的分子相互作用。
对接模型显示NGAL结合在Apt340的顶部茎环结构上。根据这些结合细节,我们继续进行了后续工作

结论

在这项研究中,我们在计算机模拟的指导下采用了计算机筛选策略,筛选出了用于NGAL的适配体,并构建了一种用于快速灵敏检测NGAL的适配体传感器。所开发适配体的检测限计算为1.17 ng/mL,显示了1 ng/mL至500 ng/mL的宽线性范围。这表明该生物传感器的性能非常出色,在NGAL检测领域具有重要意义。

作者贡献声明

王浩天:撰写——原始草稿、验证、方法学。毛新月:撰写——原始草稿、方法学、研究。张学智:验证、概念化。王永中:验证、监督。金晓峰:撰写——审阅与编辑、项目管理、概念化。

未引用参考文献

[25],[26],[31],[32]

利益冲突声明

作者声明他们没有已知的可能会影响本文工作的竞争性财务利益或个人关系。

致谢

我们感谢安徽大学科研启动基金(S020318003/013)和安徽省研究生联合培训基地建设基金(Z010110038)的资助。
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