使用多路硅纳米线场效应晶体管生物传感器同时检测miR-21和miR-155

【字体: 时间:2026年03月13日 来源:Microchemical Journal 5.1

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  微RNA联检技术中,硅纳米线场效应晶体管传感器通过混合PEG修饰探针实现spatial分隔检测,在血清中检测限达0.42 fM,再生协议(80℃热水+8M尿素)保持高稳定性和抗干扰能力,为液体活检提供新方案。

  
Bharath Kumar Yadlapalli|吴培俊|李宇翔|陈文毅
国立中央大学化学与材料工程系,台湾中坜32001

摘要

微小RNA(miRNAs)是一种长度约为21–25个核苷酸的小型非编码RNA,它们调节基因表达,并作为癌症诊断和预后的关键生物标志物。其中,miR-21和miR-155与多种恶性肿瘤高度相关。在这项研究中,我们开发了一种基于硅纳米线场效应晶体管(Si-NW FET)的生物传感器,能够同时以超高灵敏度和特异性检测miR-21和miR-155。Si-NW FET的表面经过混合硅烷-PEG自组装单层(Silane-PEG-NH?/Silane-PEG-OH,比例为1:3)和戊二醛的处理,从而实现了针对每个目标分子的特异性DNA探针的空间固定。我们使用Cy3标记的miR-21进行了再生实验,包括80°C热水冲洗、8M尿素浸泡以及最后的热水冲洗。
该生物传感器表现出优异的特异性,仅在目标区域产生显著的电信号,并且在多次实验中显示出高重复性。单个目标的检测限(LOD)分别为4.7 aM(miR-21)和7.3 aM(miR-155);在混合样本中,LOD分别为5.6 aM和7.3 aM,线性动态范围为10 aM至100 fM。与非特异性miRNAs(如miR-210)的干扰实验证实了其强大的抗干扰能力。当在未稀释的人类血清中进行测试时,该生物传感器对miR-21和miR-155的检测限分别达到了0.42 fM和0.48 fM。
这些结果证明了所提出的Si-NW FET平台在复杂生物样本中多重miRNA检测方面的分析稳健性,并展示了其作为未来基于液体活检的诊断技术开发实验室规模可行性平台的潜力。

引言

癌症仍然是全球主要的死亡原因之一。传统的诊断技术,如超声成像、磁共振成像(MRI)、计算机断层扫描(CT)和组织病理学评估,在临床决策中发挥着重要作用。然而,这些方法主要在肿瘤晚期才被发现,且常常需要侵入性操作。尽管组织活检被认为是肿瘤基因分型的金标准,但它存在采样偏差、难以到达转移部位以及无法支持长期监测的问题[1]。液体活检作为一种微创替代方案,通过分析血液、尿液和脑脊液等体液中的循环生物标志物,能够实现疾病进展的动态监测[2]、[3]、[4]、[5]。最近的多学科进展进一步强调了液体活检在癌症诊断和决策中的临床重要性[6]。
在循环生物标志物中,微小RNA(miRNAs)因具有稳定性强、丰度高以及与癌症发生和发展高度相关而受到越来越多的关注[7]、[8]、[9]、[10]。miRNAs是长度约为21–25个核苷酸的短链非编码RNA,它们在转录后水平调节基因表达。其表达谱的失调与肿瘤增殖、转移和免疫逃逸密切相关[11]、[12]、[13]、[14]、[15]。因此,循环miRNAs被广泛认为是癌症诊断和监测的有希望的液体活检生物标志物[16]。
由于许多miRNAs参与多种疾病途径,单个生物标志物往往不足以准确诊断癌症。特别是miR-21和miR-155这两种已知的致癌miRNAs,在乳腺、肺和血液系统恶性肿瘤中经常共同过表达,它们的同时失调显著提高了诊断和预后的准确性[17]、[18]、[19]、[20]。这一点在血液系统疾病中尤为重要,因为液体活检策略正越来越多地被用于疾病分型和治疗监测[21]。因此,多重miRNA检测(而非单一分析)被视为提高基于液体活检的癌症诊断可靠性的关键要求[22]。
逆转录定量PCR(RT-qPCR)被广泛用于miRNA定量;然而,它需要繁琐的样本准备、标记和扩增过程,这限制了其在临床应用中的实时性。电化学和光学生物传感器也被探索作为替代方法,但它们通常面临多重检测能力、操作简便性或在复杂生物基质中的稳健性方面的挑战[23]、[24]。在其他疾病领域的先进生物传感应用中也报告了类似的局限性,这突显了集成和稳健传感平台的必要性[25]。
基于场效应晶体管(FET)的生物传感器,尤其是硅纳米线FET(Si-NW FET)设备,具有无标记、高灵敏度和实时信号传输的特点,并且适用于大规模半导体制造。当表面修饰了特定的DNA探针后,Si-NW FET可以检测到极低浓度的循环miRNAs,甚至达到飞摩尔(fM)水平——使其特别适合早期癌症诊断[26]、[27]。在先前的文献中,Zhang等人报道了最早的芯片级多重SiNW-FET生物传感器之一,能够检测人类唾液中的两种蛋白质生物标志物——肿瘤坏死因子-α(TNF-α)和白细胞介素-8(IL-8),用于口腔鳞状细胞癌的诊断[28]。虽然这些及相关研究证明了在SiNW-FET平台上实现空间分辨多重检测的可行性,但大多数报道的系统仅关注单一类别的分析物,缺乏系统的抗污染策略,或者没有解决传感器的重复使用问题,从而限制了其在实际液体活检场景中的应用。
最近的研究表明,表面工程——特别是使用基于聚乙二醇(PEG)的自组装单层——对于抑制非特异性吸附和在高离子强度及生物复杂环境中的保持稳定传感性能至关重要。在我们之前的工作中,系统优化了SiNW-FET用于miRNA检测的硅烷-PEG-NH?/silane-PEG-OH混合比例,发现1:3的NH?:OH比例在探针密度、抗污染能力和有效的Debye长度调节之间提供了最佳平衡,从而实现了最大的电信号响应和提升的检测灵敏度[29]。此外,关于表面修饰策略的比较研究表明,基于PEG的界面相比传统的氨基硅烷接头具有更好的抗污染性能和信号稳定性,支持其在复杂生物基质中的可靠生物传感[30]。
基于这些进展,我们开发了一种基于硅纳米线场效应晶体管(Si-NW FET)的生物传感器,用于同时检测两种临床相关的癌症相关miRNAs:miR-21和miR-155。传感机制基于表面固定的探针与目标miRNAs之间的特异性杂交,这种杂交在纳米线通道中引起电荷调制,产生可量化的电信号。为了实现空间分辨的多重检测,芯片表面被划分为两个探针功能区。
我们使用荧光标记的miRNAs评估了包括80°C热水和8M尿素连续冲洗的再生协议,以检验传感器的重复使用可行性。该平台在广泛的浓度范围内对互补的miRNA目标表现出高特异性。此外,还在添加了合成miRNA混合物的人类血清样本中进一步检验了抗干扰行为和分析性能。总体而言,这种集成工程策略——结合多重检测设备架构、基于PEG的抗污染表面修饰和传感器再生——解决了miRNA液体活检传感中的关键问题,包括串扰、基质干扰和一次性操作的成本效率问题,凸显了基于SiNW-FET平台的未来准确且微创癌症诊断的潜力。

材料

硅烷-聚乙二醇-胺(Silane-PEG-NH?,分子量1 kDa)和硅烷-聚乙二醇-羟基(Silane-PEG-OH,分子量1 kDa)购自Biochempeg Scientific(美国)。戊二醛(GA)、氰硼氢化钠、Tris、磷酸二钠、磷酸一钠和尿素购自Sigma-Aldrich(美国)。乙醇(95%和99.9%)分别来自Echo Chemical Co.(台湾)和JT Baker(美国)。所有寡核苷酸探针和合成miRNAs由MDBio(台湾)提供。

机制——miRNA检测中的电双层调制和Debye筛选效应

本节将解释3.3节讨论的信号背后的物理原理,并为3.4节(多重检测、干扰、基质效应)的数据解释提供概念背景。
硅纳米线场效应晶体管(Si-NW FET)生物传感器的传感机制基于负电荷目标miRNAs与固定的单链DNA(ssDNA)探针之间的杂交所引起的表面电位调制。

结论

总之,我们开发了一种多重Si-NW FET生物传感器,能够同时以原子摩尔级灵敏度检测两种临床相关的癌症相关miRNAs,miR-21和miR-155。使用原子力显微镜(AFM)和椭圆偏振仪进行表面表征,确认在2小时的固定过程后形成了均匀且密集的探针层。包含80°C热水和8M尿素的重生协议能够有效去除杂交目标,而不会影响传感器的性能。

CRediT作者贡献声明

Bharath Kumar Yadlapalli:撰写 – 审稿与编辑,撰写 – 原稿,可视化,验证,方法学,研究,正式分析,数据管理,概念化。吴培俊:可视化,验证,研究,正式分析,数据管理,概念化。李宇翔:可视化,验证,资金获取。陈文毅:撰写 – 审稿与编辑,验证,资源管理,项目管理,方法学,资金获取。

利益冲突声明

作者声明他们没有已知的财务利益或个人关系可能影响本文所述的工作。

致谢

作者感谢国家科学技术委员会(台湾,ROC)在以下项目编号下的财政支持:NSTC 114-2221-E-008-021114-2811-E-008-007NSTC: 113-2221-E-008-011-MY3
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