来自孟加拉国拉杰沙希市的一种结节性皮肤病病毒（LSDV）分离株的完整基因组序列已通过编码技术获得

该研究首次完整测序了2021年10月从孟加拉国拉贾希布尔牛皮结节中分离的LSDV SAUVM-78株基因组，为南亚地区牛 Capripoxvirus 的基因组监测提供新资源。基因组长度151036bp，含157个CDS，与参考株NC_003027.1存在10处差异（6个SNP、2个缺失、2个插入），并与2021年孟加拉国Mymensingh分离株OP688129.1共享10处突变，揭示局部流行株的遗传关联及持续进化。

　　

摘要

我们报告了一种名为LSDV（结节性皮肤病病毒）的病毒分离株（SAUVM-78）的完整编码基因组序列，该样本采集于2021年10月11日，当时孟加拉国拉杰沙希地区正在发生临床疫情。这一资源有助于南亚地区对Capripoxviruses（山羊痘病毒属）的持续基因组监测。

公告

结节性皮肤病病毒（LSDV，属于Capripoxvirus属，Poxviridae科）是一种新兴的跨境病原体，对亚洲及其他地区的牛群造成了严重的经济影响。尽管近期有疫情爆发，但南亚地区的基因组资源仍然相对有限（1–3）。截至2025年11月19日，GenBank仅收录了来自孟加拉国的10个完整编码的LSDV基因组。在此，我们提供了来自孟加拉国的LSDV分离株SAUVM-78的完整编码基因组，以支持监测和比较基因组学研究。

2021年10月11日，在孟加拉国拉杰沙希地区，从患有典型LSD病变的印度牛（Bos indicus）的皮肤结节中无菌采集了脓液（采集地点：北纬24.368000°，东经88.599500°）。样本被置于含有抗生素（青霉素和链霉素）的病毒运输培养基中，以防止细菌污染。样本立即在冰上运输至锡尔赫特农业大学医学实验室，并在-80°C下保存以待进一步处理。在测序前未进行细胞培养扩增。病毒核酸使用AddPrep Viral Nucleic Acid Extraction Kit（ADDBIO，韩国）从直接临床样本（即皮肤结节的脓液）中提取，操作遵循制造商提供的方案。测序文库使用NEBNext Ultra II DNA Library Prep Kit（New England Biolabs，中国）制备。测序工作在Illumina Novaseq 6000平台上进行，采用双端2 × 150 bp的读长。

所有原始读长（n = 17,383,080）在参考序列引导的组装前均经过了质量控制。使用FastQC v0.11.9和MultiQC v1.13进行的质量评估显示，超过90%的碱基Phred分数大于Q30（4, 5）。通过CLC Genomics Workbench v8.0中的质量修剪功能（参数默认设置为LSDV/02/KASH/IND/2022 (OQ588787.1)，基于0.9的相似度阈值、2/6的错配/插入/缺失成本以及局部重新对齐选项，对低质量读长和接头序列进行了修剪。使用“Extract consensus sequence”功能生成了共识序列，设置了1的低覆盖率阈值，去除了低覆盖率区域，并通过投票方式解决了序列冲突，同时确保最低覆盖率为30×。修剪后的高质量读长被用于参考序列引导的组装。最终得到的完整编码基因组长度为151,036 bp，平均覆盖率为90.06×。

利用Prokka v1.14.6对基因组进行了注释，预测出157个编码序列（CDSs），并通过InterProScan v5.59进行验证，并通过BLASTp与UniProtKB和NCBI的非冗余数据库进行了比对（7–9）。使用Proksee生成了线性基因组图谱（图1（10））。通过BLASTn和保守的LSDV标记物（P32、GPCR、RPO30和Ankyrin重复基因）的系统发育分析，利用MEGA11软件和最大似然法确定了病毒谱系和系统发育位置（11）。除非另有说明，所有软件均使用默认参数。

图1

图1 使用Proksee生成的LSDV分离株SAUVM-78的基因组图谱。该图谱展示了完整的编码基因组结构（151,036 bp），包括Prokka v1.14.6预测的157个编码序列（CDSs）、GC含量以及基因组中的GC偏斜情况。CDSs按照其基因组方向显示，GC含量（25.9%）和GC偏斜情况则用内环表示。

与参考基因组LSDV NI-2490（GenBank登录号：NC_003027.1）的比较显示，SAUVM-78基因组中存在10个核苷酸变异，包括6个单核苷酸替换（20C>A、28653G>A、75262C>A、88961G>T、133173T>A和150754G>T）、2个缺失（13110delT和116105delA）以及2个插入（23369_23370insT和114039_114040insA）。BLASTn分析确定，2021年在孟加拉国迈门辛格收集的LSDV分离株OP688129.1是与SAUVM-78基因组最接近的匹配样本。SAUVM-78中的所有10个突变均存在于OP688129.1中，表明两者具有密切的进化关系，可能在该地区存在共同的病毒株。然而，OP688129.1还携带了3个额外的突变（12080_12081insT、45482C>T和146714_146715insA），这些突变在SAUVM-78中未检测到，说明LSDV在孟加拉国存在持续的微进化。

致谢

本研究得到了孟加拉人民共和国政府教育部的支持（项目编号：LS20191244）。