从沉积物和稻田土壤中分离出的属于酸杆菌门（Acidobacteriota）的两种中土菌属（Mesoterricola）菌株的完整基因组序列

《Microbiology Resource Announcements》：Complete genome sequences of two Mesoterricola strains belonging to the phylum Acidobacteriota, isolated from sediment and paddy soil

Mesoterricola 菌株 MK458 和 JemC181 的基因组测序完成。MK458 基因组为 4.76 Mb，含 4021 个蛋白编码基因；JemC181 为 5.18 Mb，含 4435 个基因。两者平均核苷酸相似度（ANI）达 88.5%，与模式株 M. silvestris W79^T 的 ANI 分别为 86.5% 和 87.4%，表明 MK458 和 JemC181 为不同物种。

　　

摘要

Mesoterricola 菌株 MK458 和 JemC181 属于 Acidobacteriota 门中的厌氧细菌，分别从沉积物和稻田土壤中分离得到。本文报告了它们的完整基因组，大小范围为 4.76 至 5.18 Mb，G+C 含量为 68.3%–68.6%，编码 4,021–4,435 个蛋白质编码基因。

公告

Mesoterricola 属细菌首次分离于 2023 年，属于 Acidobacteriota 门，栖息于土壤环境中（1）。这些细菌是具有运动能力的杆状菌，能够以 Fe(III) 化合物作为电子受体（1）。本文报告了两种 Mesoterricola 菌株 MK458 和 JemC181 的完整基因组序列。

MK458 是从河流沉积物（43°00′43.7″N, 141°42′12.8″E）中使用土壤浆液法分离得到的（1），而 JemC181 是从稻田土壤（37°26′15.7″N, 138°52′19.0″E）中使用相同方法新分离得到的。具体操作如下：用无菌铲子采集新鲜土壤样本（深度 0–3 cm，约 20 克），置于含有高压灭菌土壤的浆液中，然后在厌氧条件下进行培养；随后使用 AnaeroPack 袋（三菱气体化学公司，日本）在 30°C 下将样品接种到 1.5% R2Af 球板上进行单菌落分离（2）。两种菌株均培养一周后提取 DNA。MK458 的 DNA 提取方法如前文所述（3），所有测序文库均使用相同的 DNA 处理方法；JemC181 的细胞则先被冻存在液氮中，研磨后使用 Genomic-tip 20/G 试剂盒（Qiagen，德国）进行处理。除非另有说明，所有软件均使用默认参数。

对于 MK458，DNA 测序结合了 DNBSEQ-G400（BGI，中国）和 GridION X5（Oxford Nanopore，英国）这两种短读长结合技术。短读长文库由 129 ng DNA 制备，经过 10 个扩增循环后使用 MGIEasy FS DNA 文库制备试剂盒进行 circularization 处理，随后进行 2×200 bp 的测序；长读长文库由 1,000 ng DNA 制备，使用 Ligation Sequencing Kit（SQK-LSK109）进行测序，无需大小筛选，测序设备为 GridION 和 R9.4.1 流式细胞仪，软件版本为 Guppy v4.0.11+f1071（N₅₀ 5,897 bp）。短读长适配子使用 Cutadapt v2.7 进行修剪（4）；低质量读段（Q < 20）和小于 127 bp 的读段使用 sickle v1.33 进行去除（5）；长读长适配子使用 Porechop v0.2.3 进行去除（https://github.com/rrwick/Porechop），小于 1,000 bp 的读段使用 Filtlong v0.2.0 进行过滤（6）。基于 5,474,814 个短读长和 203,804 个长读长的混合组装使用 Unicycler v0.4.7 完成（7）。JemC181 的测序在 PacBio Revio（PacBio，美国）上进行。DNA 使用 0.88× ProNex 珠子进行纯化，再用 g-TUBE（Covaris）切割至 10–20 kbp 长度，2,000 ng DNA 用于 SMRTbell Express Template Prep Kit 2.0 制备文库。Q < 20 或小于 1,000 bp 的读段使用 SMRT Link v12.0.0 和 Filtlong v0.2.1 进行去除（30,143 个 HiFi 读段，N₅₀ 9,343 bp），并使用 Flye v2.9.2 进行组装（8）。 circularity、质量和注释分析使用 Bandage v0.8.1（9）、CheckM2 v1.0.1（10）和 DFAST v1.6.0（11）进行，无需重新定向。平均核苷酸同一性（ANI）使用 JSpeciesWS v5.0.2 计算（12）。

致谢

我们感谢 AIST 的 Sugisawa Yumi 和 Kobayashi Emiko 对实验的支持，以及 Niigata 农业研究所的 Ohba Hirotomo 提供的稻田土壤样本。

本工作得到了大阪发酵研究所和日本学术振兴会（JSPS KAKENHI）项目（项目编号 JP24K21255）的支持。