编辑推荐：
本项研究分析了蓝藻门细菌Piscinibacter sakaiensis 201-F6在不同碳源（702复合培养基、麦芽糖、PET塑料）下的转录组数据，揭示了其代谢响应及基因表达调控机制。
摘要
Piscinibacter sakaiensis 201-F6是一种革兰氏阴性细菌，能够代谢和发酵聚对苯二甲酸乙二醇酯（PET）塑料和简单糖类。本文介绍了在702复合培养基、麦芽糖和PET塑料中培养的Piscinibacter sakaiensis 的三组转录组数据。
公告
自2016年发现并分离出Piscinibacter sakaiensis 201-F6（先前称为Ideonella sakaiensis ）以来，该细菌对聚对苯二甲酸乙二醇酯（PET）的降解能力受到了广泛研究（参考文献1-3）。具体而言，PETase酶和单(2-羟乙基)对苯二甲酸降解酶（MHETase）的生化特性（参考文献4-7）和遗传特性（参考文献8-10）已经得到了深入研究。然而，关于P. sakaiensis 对PET及其他可发酵碳源的生理反应的研究较少（参考文献9, 11）。因此，我们公布了在702复合培养基、麦芽糖或PET塑料中培养的P. sakaiensis 的三组转录组数据。
P. sakaiensis 201-F6是从日本东京的国家技术评估与生物资源中心购买的，在702复合培养基中复苏后，储存在50%甘油（重量/体积）溶液中，温度为-80°C。转录组样本的采集方法如先前所述（参考文献12, 13）。具体操作为：将冷冻的细胞株通过分离菌落并在702复合培养基中扩增来复苏。当P. sakaiensis 细胞密度达到光密度600 nm（OD600 ）约为1.5时，取1:100的细胞培养液接种到300 mL的烧瓶中，分别设置三种培养条件：仅使用702复合培养基、添加0.5%（重量/体积）麦芽糖的702培养基，以及添加1%（重量/体积）PET塑料的702培养基，并在30°C、高通气量（200 RPM）下进行培养。用于培养的PET塑料来自Deer Park品牌的瓶子，在生长实验前经过高压灭菌（121°C、16 psi）处理以确保无菌。生长情况通过光密度（OD600 ）进行监测：在702培养基中培养的细胞在约7小时时取样；在添加麦芽糖的702培养基中培养的细胞在约9小时时取样；在添加PET塑料的702培养基中培养的细胞在可能开始利用塑料时（约27小时）取样（参考文献10）。当达到所需的OD600 值后，无菌收集35 mL培养液，并加入5 mL苯酚:乙醇（5:95，体积/体积）溶液以终止代谢。随后将代谢停止的细胞悬液在4°C下以8,000 × g的离心力离心5分钟，去除上清液，将细胞沉淀物迅速放入干冰和乙醇浴中冷冻5分钟，然后储存在-80°C，并送往GeneWiz（新泽西州Plainfield）进行RNA提取、文库制备和测序。
RNA使用Qiagen RNeasy Mini Kit（德国Hilden）从细胞沉淀物中提取；RNA文库制备按照Illumina公司的NEBNext Ultra II RNA Library Preparation Kit（NEB，马萨诸塞州Ipswich）说明书进行。测序文库的质量通过Agilent Tapestation 4200（Agilent Technologies，加利福尼亚州帕洛阿尔托）进行评估，并使用Qubit 4.0荧光计（Thermo Fisher Scientific，马萨诸塞州沃尔瑟姆）及定量PCR（KAPA Biosystems，马萨诸塞州威尔明顿）进行定量。测序文库按照Illumina HiSeq 4000仪器的说明书进行多重化和聚类。测序采用2 × 150 bp的双端配对方式，每个样本平均产生56,917,716条读段（见表1）。
表1 测序转录组的质量概况
样本编号
读段数量
平均质量分数
合格碱基百分比（Q > 30）
SRA访问号
702 Rep 1
53,838,115
35.34
90.6
SRX31399924
702 Rep 2
66,104,127
35.31
90.5
SRX31399925
702 Rep 3
52,944,756
35.30
90.5
SRX31399926
702 + Maltose Rep 1
70,199,158
35.40
90.9
SRX31399927
702 + Maltose Rep 2
52,034,782
35.38
90.8
SRX31399928
702 + Maltose Rep 3
60,242,398
35.40
90.9
SRX31399929
702 + PET Rep 1
54,468,132
35.18
90.0
SRX31399930
702 + PET Rep 2
54,066,645
35.33
90.6
SRX31399931
702 + PET Rep 3
48,361,328
35.25
90.3
SRX31399932
a ：读段长度为150 bp。
致谢
本报告基于美国国家通用医学科学研究所（National Institute of General Medical Sciences）的资助（项目编号R01GM147142）。P. sakaiensis 201-F6菌株是从日本东京的国家技术评估与生物资源中心购买的（编号110686）。P. sakaiensis 201-F6样品的处理工作，包括RNA提取、文库构建、测序和质量控制分析，由GeneWiz公司（新泽西州Plainfield）提供有偿服务完成。
J.K.N.负责RNA测序所需的细胞沉淀物的制备并参与了手稿的撰写。J.G.G.监督了整个研究过程并参与了手稿的撰写。所有作者均阅读并批准了最终提交的手稿版本。
本报告记录了由美国政府机构资助的研究工作。美国政府或其任何机构及其员工不对所披露的信息、设备、产品或过程的准确性、完整性或实用性作出任何明示或暗示的保证，也不承担任何法律责任或责任；同时，不保证使用这些内容不会侵犯任何私有权利。文中提到的具体商业产品、过程或服务（无论采用商标名、制造商名称等方式）并不代表美国政府或其任何机构的认可、推荐或支持。作者在此表达的观点和意见不一定反映美国政府或其任何机构的立场或观点。
