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这篇《英国先天性肌病与先天性肌营养不良症10年间的遗传图谱与诊断结局》研究，报道了英国高度专科服务对近2000名患者的十年诊断成果。研究发现，在已诊断的患者中，致病性变异主要集中在RYR1、TTN、COL6A1-3等少数基因。研究强调了二代测序（NGS）在临床实践中的诊断效用，但也揭示了诊断率受转诊标准变化影响，以及意义未明变异（VUS）的解读挑战，突显了多学科团队（MDT）讨论和深入表型分析的重要性。
背景和目的
先天性肌病（CMYO）和先天性肌营养不良（CMD）是罕见、临床和遗传异质性神经肌肉疾病，以肌无力为特征，通常在出生时或出生后数月内发病。二代测序（NGS）已显著增强了对此类罕见疾病的诊断能力并改变了诊断流程。本研究旨在描述10年间转诊至英国伦敦Dubowitz神经肌肉中心国家高度专科服务（HSS）接受评估的CMYO和CMD患者，经NGS分析后的诊断结局及基因型患病率。
方法
研究纳入并回顾了2014年至2023年间转诊至HSS进行CMYO和/或CMD基因面板NGS分析的所有病例的诊断结果。转诊标准和途径在研究期间有所演变，特别是2020年英国国家基因组测试目录实施后，筛选流程转变为基于实验室的分诊，纳入标准更广泛，且没有系统的多学科团队（MDT）筛查。遗传分析采用NGS基因面板进行，面板基因列表随时间更新，以纳入当时已知的致病基因。变异解读遵循当时的ACMG指南，并经由HSS团队的神经肌肉顾问、临床科学家和神经病理学家参与的MDT讨论，以达成最终共识（特别是在处理意义未明变异（VUS）时）。为每位个体仅保留最明确的诊断结果用于结局分析。诊断结局分为4个亚组：（1）基因确诊患者；（2）携带隐性基因单一杂合致病性变异的未诊断患者；（3）携带一个或多个VUS的未诊断患者；（4）无分子发现的未诊断患者。
结果
在2014年1月至2023年12月期间，HSS共完成了2352例CMYO或CMD致病基因的NGS面板分析，涉及1927名无关的患病个体。其中，425名个体在此期间接受了超过一次分子分析。总体而言，553/1927名个体（28.7%）获得了明确的遗传学诊断，1374/1927名患者（71.3%）仍未被诊断。平均每年诊断人数为55.3人，诊断率最高为2016年的47.2%，最低为2021年的11.4%。值得注意的是，考虑到2020年起转诊标准的变化（放宽了国家层面接受基因检测样本的条件），平均诊断率从2014-2019年间的29.41%下降至2020-2023年间的15.97%。
在553名基因确诊患者中，345人（62.4%）诊断为CMYO，208人（37.6%）诊断为CMD。每年CMYO诊断率为34.5人/年，CMD为20.8人/年。COL6相关疾病（COL6-RD）是最常见的临床诊断（15.6%），其次是RYR1-CMYO（14.8%）和α-肌营养不良聚糖病（10.1%）。
诊断涉及59个基因的致病性变异，包括34个CMYO基因和25个CMD基因，其中RYR1基因的变异最为常见（占确诊患者的14.8%），其次是COL6A1（7.7%）和TTN（6.8%）。32个基因的致病性变异各自在确诊队列中的患病率低于1.5%，合计占整个确诊队列的11.8%。最常见的CMYO形式是RYR1-CMYO（占CMYO患者的23.8%），其次是TTN（10.7%）、MTM1（10.4%）、NEB（8.7%）、SELENON（7.5%）、ACTA1（6.7%）和DNM2-CMYO（4.6%）。其余27个CMYO基因也发现了致病性改变。
最常见的CMD是COL6相关疾病（COL6-RD，占CMD患者的41.4%），其中20.7%是由于COL6A1基因变异，13.5%由于COL6A2，7.2%由于COL6A3。LAMA2相关疾病是第二常见的（15.4%），随后是由GMPPB（6.7%）、POMGnT1（6.3%）、FKRP（6.3%）和LMNA（4.8%）基因导致的类型。另外16个CMD基因导致了其他遗传形式。在136名携带隐性基因致病性改变的患者中（占确诊患者的24.6%），114人（83.8%）携带纯合变异，其余22人为复合杂合变异。
1374名患者未能获得遗传学诊断。其中，502人（36.5%）携带一个或多个遗传变异。总体来看，79/502名患者（15.7%）在隐性基因中存在单一的杂合致病性变异，最常见于TTN（34.2%）和NEB（17.7%）基因。其余423人（84.3%）携带一个或多个VUS。值得注意的是，111/423人（26.2%）在2个或更多基因中携带VUS，该亚组中共有286个变异，导致总共识别出598个VUS。VUS在RYR1（17.1%）、NEB（14.2%）和TTN（12.7%）基因中最为常见。
讨论
这项大型单中心真实世界研究报告了十年间转诊至国家HSS的近2000名疑似CMYO/CMD患者的诊断结局。通过使用不断更新的NGS基因面板（目前包含98个基因），全面概述了英国CMYO/CMD的诊断格局。与之前的研究一致，本研究数据证实15个基因的致病性改变导致了70%的CMYO/CMD病例，其中7个基因（RYR1、TTN、MTM1、NEB、SELENON、ACTA1和DNM2）导致72.5%的CMYO，8个基因（COL6A1-2-3、LAMA2、GMPPB、POMGnT1、FKRP和LMNA）导致80.2%的CMD。这在规划诊断基因面板时具有重要意义，特别是在无法使用更广泛的NGS方法时。RYR1-CMYO是最常见的CMYO（23.8%），与欧洲和北美队列中先前报道的25%-40%的诊断率相似。本系列中观察到的略低比率可能反映了遗传异质性的逐步扩展，以及新的复杂基因（特别是TTN）作为CMYO相关病因的出现。考虑到大量患者在TTN基因中携带单一致病性变异和/或VUS（分别为34.2%和12.7%），在常规诊断流程中，许多潜在的TTN相关CMYO患者可能仍未确诊，这可能会低估其真实患病率。额外的分子研究，如（长读长）全基因组测序（WGS）和RNA测序，结合深度表型分析，对于检测难以发现的变异和/或澄清VUS的作用至关重要。
COL6-RD被证实是英国最常见的CMD，这与我们之前的数据和其他近期报告一致。值得注意的是，本研究未根据临床严重程度对COL6-RD患者进行区分，并且包括了Bethlem肌病和中间表型患者。LAMA2-RD的频率（15.4%）低于我们之前和其他欧洲团队报告的30%-40%。这种差异可能部分是由于英国其他基因组中心为重症、危重新生儿（如重度LAMA2-RD病例）提供了更快速、更广泛的全基因组测序（WGS）方法，从而减少了转诊至我们HSS诊断服务的LAMA2-RD病例。本研究凸显了众多单个罕见基因的累积作用，它们约占所有诊断的12%，突出了涵盖所有已知CMYO/CMD基因的综合性NGS面板在识别超罕见形式中的价值。
本研究再次确认了在真实诊断环境中，靶向NGS基因面板方法对CMYO/CMD分子诊断的诊断价值。总体诊断率为28.7%，与之前使用基于面板方法所报告的结果（19%-50%）一致，具体取决于队列构成、遗传异质性、人群特异性遗传结构、纳入标准以及转诊模式的内在差异。观察到的诊断率变化呈总体下降趋势，这可能与英国国民医疗服务体系临床实践的变化有关。特别是2020年后筛选过程宽松以及NGS检测可及性更广，可能最终导致临床表现特异性较低的患者数量增加，而在这类患者中实现遗传诊断可能更具挑战性。事实上，我们之前的研究基于患者表型进行选择，并报告了显著更高的诊断率（CMD为46%-66%，CMYO为63%），这凸显了专科MDT方法在最大化诊断结果方面的关键作用。在过去的十年中，CMYO/CMD疾病基因数量大幅增加，从总计21个基因增至最新的2023年面板版本中的近100个基因（CMYO 61个，CMD 37个）。尽管有此扩展，仍有相当大比例的患者（74.3%）未获遗传学诊断。疾病基因的扩展也可能导致大量VUS的出现，有322名患者携带1个VUS，111名患者携带超过1个VUS。这进一步增加了诊断的复杂性以及对复杂MDT讨论的需求，以解读所有变异并计划后续研究。虽然本研究并未量化MDT评估的影响，但先前证据表明，由具备神经肌肉和分子专业知识的专家团队参与的MDT变异讨论可以提高诊断性能。自动化的解读流程可能会过滤掉那些可能破坏蛋白质功能、剪接或调控元件的变异。对未诊断患者的系统性重新评估，以及结合更新的变异数据库、新的基因-疾病关联、新的遗传模式或更精细的表型分析对VUS进行再分析，以及进一步的多组学和功能测试，可能支持变异的解读并实现额外的诊断。临床基因组资源等协作框架系统地管理基因-疾病关系，支持在神经肌肉疾病中实现一致的变异解读，也是此过程中的关键。
结论
本研究在国家服务范围内提供了CMYO/CMD诊断的全面真实世界概览，定义了基因分布和更新的患病率估计。这些数据将有助于为疾病负担计算、临床试验准备和资源规划提供信息。我们的研究结果也凸显了转诊模式演变的影响、无监管的基因组可及性的局限性，以及对表型分析、专家MDT讨论和解读以及数据共享基础设施持续投资的必要性，以便将基因组学结果转化为有意义的临床结局。
