一种基于DNA模板银纳米簇和催化发夹组装的无标记荧光适配体传感器,用于高度特异性检测大肠杆菌O111:B4脂多糖

【字体: 时间:2026年03月14日 来源:Analytica Chimica Acta 6

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  该研究开发了一种基于DNA aptamer、催化发夹组装(CHA)和DNA-银纳米团簇(DNA-AgNCs)的无需酶和标记的荧光传感方法,通过改变AgNC成核序列实现双通道荧光输出用于定量验证,展示了高灵敏度(1.58 ng mL?1)、宽线性范围(2-1000 ng mL?1)和强选择性的特性,适用于复杂环境样本中的LPS检测。

  
赵颖|张虎|杨汉梦怡|卢艳艳|董星|邓一斌|吕建霞|张珍
江苏大学环境与安全工程学院,镇江

摘要

背景

大肠杆菌O111:B4是一种重要的致腹泻血清型,也是水质监测中粪便污染的指示菌。由于其与其他大肠杆菌血清型的高度结构相似性以及传统检测方法的局限性,对其进行特异性检测仍然具有挑战性。血清型特异性的脂多糖(LPS)是一种稳定且具有区分能力的生物标志物,可用于选择性检测。

结果

我们开发了一种无酶、无标记的荧光适配体传感器,该传感器结合了O111:B4 LPS特异性的DNA适配体、催化发夹组装(CHA)放大技术和基于DNA的银纳米簇(DNA-AgNCs)信号报告技术。目标物质结合后释放出互补链,触发CHA反应,导致DNA发生程序性重排,使富含鸟嘌呤的基序靠近AgNCs并增强荧光。重要的是,仅通过改变AgNC的成核序列,就可以在同一识别和放大工作流程下重新编程光输出,产生两个发射通道(570 nm和670 nm),从而实现双通道一致性验证。该适配体传感器的线性检测范围为2-1000 ng/mL,检测限为1.58 ng/mL,并且对非目标细菌和常见环境干扰物具有高选择性。在不同样品中的加标回收实验显示回收率为92–108%,表明其在复杂基质中的稳定性良好。

意义

本研究提出了一种序列可编程的双通道LPS检测策略,其中目标识别和信号放大与光输出重构相互分离。内部的双通道一致性验证以及在各种基质中的优异性能支持了实际应用,并为可扩展和多重生物传感平台提供了模块化路径。

引言

大肠杆菌O111:B4是一种代表性的致腹泻血清型,广泛用于评估水环境中的微生物污染及相关健康风险[1],[2]。因此,准确识别这一血清型对于环境监测和微生物风险评估至关重要[3]。然而,不同大肠杆菌血清型之间的高度结构相似性给血清型水平的可靠区分带来了挑战。
传统的微生物培养方法繁琐耗时,且无法区分不同血清型[4]。鲎变形细胞裂解物(LAL)检测方法能够提供高精度的内毒素检测,但对细菌血清型的敏感性较低[5],[6]。免疫测定方法(如ELISA)可以实现选择性识别,但其稳定性有限、生产成本高且开发周期长,阻碍了其在常规环境分析中的快速应用[7]。因此,迫切需要具有高特异性和快速响应的分析策略。
脂多糖(LPS)是革兰氏阴性菌外膜的主要结构成分,由于其结构稳定性和依赖于血清型的O-抗原组成,成为一种有吸引力的分析目标[8],[9]。特别是大肠杆菌O111:B4的LPS具有独特的O111抗原结构,可作为该血清型的高度特异性分子指纹[10]。与全细胞检测方法不同,基于LPS的分析不依赖于细菌的存活状态。LPS在细胞死亡或裂解后仍保持化学稳定性,从而能够更全面地监测污染事件[11]。这些特性使得LPS成为复杂环境基质中检测大肠杆菌血清型的理想生物标志物。已经探索了几种LPS检测方法。例如,基于循环伏安法(CV)的传感器表现出较低的LPS检测限[12],基于电化学发光(ECL)的传感器也具有高灵敏度[13]。此外,还开发了使用成本较低的PDA激活传感器,使其在某些应用中更具经济性[14]。此外,已经成功筛选出针对大肠杆菌O111:B4 LPS的特异性适配体[15],为基于适配体的检测奠定了基础。
基于适配体的生物传感器提供了一种多功能的选择性分子识别方法,具有高亲和力、化学稳定性和良好的批次间重复性,优于基于抗体的检测方法[16],[17]。适配体是通过指数富集(SELEX)系统进化产生的短单链核酸,常被称为“化学抗体”[18],[19]。它们易于合成且结构可编程,特别适合与基于核酸的信号放大策略和功能性纳米材料结合使用[20],[21],[22],[23]。在荧光纳米材料中,基于DNA的银纳米簇(DNA-AgNCs)因其超小尺寸、低毒性和序列依赖性的光学特性而受到广泛关注[24],[25],[26]。DNA-AgNCs使用DNA支架作为模板原位合成,其发射波长和强度对局部DNA序列和二级结构非常敏感。重要的是,目标触发的DNA构象变化可以调节鸟嘌呤碱基与银离子之间的接近程度,通常导致荧光增强,这与鸟嘌呤–Ag+配位有关。这种结构响应行为使得DNA-AgNCs成为基于核酸的传感架构中理想的无标记信号报告器[27],[28],[29]。
在本研究中,我们提出了一种无标记的荧光适配体传感器策略,该策略结合了O111:B4 LPS特异性的DNA适配体、催化发夹组装(CHA)介导的信号放大技术和DNA-AgNCs进行荧光报告。目标结合后释放出互补链,启动CHA反应,将单个分子识别事件转化为多个产生荧光的循环[30],[31]。由此产生的DNA结构重排通过鸟嘌呤–Ag+配位增强AgNC的荧光,实现无需酶促放大或荧光团标记的灵敏信号转导[32],[33]。值得注意的是,仅通过改变DNA支架中的AgNC成核序列,就可以将光输出编程为两个发射通道,而不改变识别或放大模块。这种设计实现了双通道并行定量,作为内部一致性验证,同时保持了模块化架构,将目标识别与光输出分离,并为多通道或多重分析提供了途径。我们系统评估了该策略的分析性能和实际应用性,证明了其在复杂环境基质中检测特定血清型LPS的潜力。

试剂和设备

Apt(5’-ATCCGTCACCCCTGCTCTCGTCGCTATGAAGTAACAAAGATAGGA GCAATCGGGTGGTGTTGGCTCCCGTAT-3’)(图S1)[15]及其他用于本实验的HPLC纯化DNA寡核苷酸由上海桑贡生物技术有限公司(中国上海)提供(表S1)。Tris[(羟甲基)氨基甲烷]盐酸盐(Tris-HCl)、40%双丙烯酰胺溶液(29:1)和5×TBE缓冲液同样由上海桑贡生物技术有限公司提供。链霉亲和素磁珠(MBs,0.6 μm,10 ml)由苏州沃多贝克科技有限公司提供。

所提出传感器的工作原理

如图1所示,所提出的传感策略基于一个级联过程,包括目标识别、催化信号放大和荧光转导。简而言之,首先将O111:B4 LPS特异性的DNA适配体与其互补链(c-Apt)杂交,并通过生物素-链霉亲和素相互作用固定在链霉亲和素包覆的磁珠上。当引入目标LPS时,适配体会优先结合LPS,从而破坏

结论

在这项研究中,我们开发了一种高特异性和灵敏度的无标记荧光适配体传感器,用于检测大肠杆菌O111:B4 LPS,该传感器结合了适配体识别、CHA放大技术和DNA-AgNCs信号报告技术。该平台的一个关键方法学特点是分子识别、信号放大和光输出之间的模块化分离。通过仅改变AgNC的成核序列,可以在不改变上游组件的情况下重新编程光输出,以实现双通道发射。

CRediT作者贡献声明

赵颖:撰写——原始草案、可视化、方法学、数据管理、概念构思。董星:方法学、概念构思。邓一斌:软件、概念构思。吕建霞:数据管理、概念构思。张珍:验证、项目管理。张虎:软件、数据管理。杨汉梦怡:方法学、概念构思。卢艳艳:软件、数据管理

利益冲突声明

作者声明没有已知的竞争性财务利益或个人关系可能影响本文所述的工作

利益冲突声明

作者声明没有已知的竞争性财务利益或个人关系可能影响本文所述的工作。

致谢

本研究得到了国家自然科学基金(项目编号:22176075和22476072)以及江苏水处理技术与材料协同创新中心的支持。
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