在印度，采用基于序列的全面高通量检测方法以及RT-LAMP技术，对与火龙果（Selenicereus spp.）相关的RNA病毒进行了确认

《Archives of Virology》：Comprehensive high-throughput sequence-based detection and RT-LAMP confirmation of RNA viruses associated with dragon fruit (Selenicereus spp.) in India

龙血果在印度广泛种植但病毒研究不足，通过HTS测序和RT-LAMP验证发现7种病毒，其中TSV、GBNV、PiVX和CVX完成基因组测序。GBNV占比最高，病毒间系统发育关系密切，显示基因高度保守和区域传播特征。TSV、GBNV和PiVX存在重组事件，CVX未发现重组。开发RT-LAMP检测方法证实混合感染普遍，为龙血果病害防控提供新框架。

　　

摘要

火龙果（Selenicereus属）是一种新兴的高价值热带水果作物，在印度广泛种植。然而，关于与其种植相关的病毒的信息非常有限。因此，我们使用高通量测序（HTS）对从印度南部和西部主要种植区收集的火龙果枝条进行了病毒组分析，并通过RT-PCR和RT-loop介导的等温扩增进行了验证。在卡纳塔克邦、马哈拉施特拉邦和安得拉邦进行的调查显示，疾病发生率中等至较高（15–45%），症状包括花叶病、斑驳、黄化条纹和坏死病斑。从受感染枝条中分离出的RNA的元转录组分析发现了七种病毒：烟草条纹病毒（TSV）、花生芽坏死病毒（GBNV）、 pitaya病毒X（PiVX）、仙人掌病毒X（CVX）、黄瓜花叶病毒（CMV）、番茄花叶病毒（ToMV）和番茄褐皱果病毒（ToBRFV）。然而，TSV、GBNV、PiVX和CVX的完整或接近完整的基因组序列已被成功重建。相对丰度分析表明，GBNV是主要病毒，其次是CVX、PiVX和TSV。系统发育分析显示，GBNV、TSV、PiVX和CVX的分离株与先前报道的印度和全球分离株具有密切的亲缘关系，这表明它们在遗传上高度保守，并可能通过共享的农业生态系统和种植材料在地区间传播。重组分析在TSV（RNA1和RNA2）、GBNV（L片段）和PiVX（RdRp区域）中发现了统计学上显著的重组事件，表明基因重组和适应性进化正在发生。相比之下，CVX没有显示出重组的迹象。为这些鉴定出的病毒开发的RT-LAMP检测方法实现了快速、灵敏且可在田间使用的检测，证实了调查区域内普遍存在混合感染。本研究代表了印度首次基于高通量测序的火龙果病毒组分析，突显了该作物病毒感染的复杂性。将高通量测序与RT-LAMP结合使用，为早期诊断、检疫监测和无病毒种植材料的生产提供了可靠的框架，这对于印度火龙果种植的可持续扩展至关重要。