从印度南部患有繁殖障碍的猪只中分离出猪细小病毒1型（Porcine Parvovirus 1）并对其进行全基因组分析

《Archives of Microbiology》：Isolation and complete genome analysis of Porcine Parvovirus 1 from swine with reproductive failure in southern India

南方印度猪生殖障碍相关PPV1病毒分离及全基因组分析，采集100份可疑样本（70胎儿组织+30血清），通过VP2基因特异性PCR检测到13%阳性率，成功分离6株PPV1并完成基因组测序（GenBank PV296187-PV296194）。基因组长度5013nt，VP2蛋白存在I215T、D378G等5个氨基酸变异，与致病性病毒一致。系统发育分析显示C、E型及C、D型分化，揭示流行毒株遗传多样性。

　　

摘要

猪细小病毒1型（PPV1）是导致猪繁殖障碍的主要病原体，可引起死产、胎儿木乃伊化、胚胎死亡和不孕症，给全球带来重大经济损失。然而，关于印度南部地区野外环境中流行的PPV1的分离及其完整基因组分子数据仍然十分匮乏。在本研究中，研究人员收集了100份疑似与繁殖失败相关的样本，其中包括70份来自分娩过程中死亡或木乃伊化胎儿的胎儿组织样本（肝脏、脾脏和肺部），以及30份来自有繁殖失败史的母猪的血清样本（这些母猪来自印度南部的五个地区）。通过VP2基因特异性PCR对PPV1进行分子检测，阳性率为13%（n=13）。10份PCR阳性的样本在PK-15细胞中扩增以分离PPV1病毒，其中6个分离株在第五代培养时表现出典型的细胞病变特征，并通过PPV1特异性PCR进一步得到确认。4个分离株使用已发表的重叠引物进行了全基因组扩增，随后进行Sanger测序和基因组拼接。另外2个分离株使用Illumina NGS平台进行了全基因组测序，通过参考基因组图谱生成了完整的PPV1基因组。所有6个PPV1分离株的基因组长度均为5,013个核苷酸，具有典型的细小病毒结构，包括NS1区和VP1/VP2区。这6个PPV1分离株的全基因组序列已提交至GenBank，登录号为PV296187、PV296188、PV296191、PV296192、PV296193和PV296194。比较序列分析显示，这些分离株与全球范围内的PPV1菌株具有高度相似的核苷酸序列（>99%），且NS1区高度保守。相比之下，VP2衣壳蛋白中的I215T、D378G、H383Q、S436P和R565K位点的氨基酸替换与致病性菌株的序列特征一致，表明这些位点可能具有抗原性和致病性意义。利用最大似然法进行的系统发育分析将2个分离株归为C基因型，4个分离株归为E基因型；而邻接法则将它们分别归为C基因型和D基因型，这表明流行中的PPV1菌株存在遗传多样性。本研究报道了从印度南部地区因繁殖失败而分离出的PPV1病毒及其完整基因组的特征分析。