一种多检测方法的分子工具包，用于利用PCR、qPCR、RPA和LAMP技术快速、灵敏地检测引起水稻假黑穗病的病原菌Ustilaginoidea virens

《World Journal of Microbiology and Biotechnology》：A Multi-assay molecular toolkit for rapid and sensitive detection of Ustilaginoidea virens the causative agent of rice false smut using PCR, qPCR, RPA, and LAMP assays

稻谷假黑粉菌特异性基因Uv-05919检测方法研究开发及性能验证。通过BLASTn分析筛选100%匹配且无旁氏物种同源的基因，建立conv-PCR、qPCR、RPA和LAMP四类检测体系，灵敏度达12 plasmid copies/20 μL，特异性实验显示无交叉反应，成功实现田间病株与健康样本区分。

摘要

Ustilaginoidea virens是导致水稻假霉病的病原体，对全球水稻生产构成了严重威胁，降低了稻谷的产量和质量。我们的目标是开发快速且灵敏的检测方法，以实现及时发现和应对这一病害。我们对U. virens Uv-8b的整个基因组进行了BLASTn分析，并与NCBI NR数据库进行比对，以寻找仅属于U. virens的序列。仅保留了与U. virens基因组100%相同且与其它非目标物种没有同源性的候选基因。最终，我们选择了Uv-05919基因，用于开发常规PCR、定量PCR、重组酶聚合酶扩增（RPA）和环介导等温扩增（LAMP）检测方法。通过使用多个U. virens分离株以及非U. virens病原体来评估这些检测方法的特异性。所有开发的检测方法对U. virens均表现出高度特异性，且没有与非目标生物发生交叉反应。检测灵敏度阈值分别为：RPA为100 pg / 50 μL，LAMP为10 pg / 25 μL，qPCR为12个质粒拷贝/ 20 μL，conv-PCR为100 pg/ 25 μL。所有检测方法都能可靠地在受感染的水稻穗中检测到U. virens，而在健康对照样本中则无法检测到，这证明了这些方法在实际应用中的可行性。

图形摘要

Ustilaginoidea virens是导致水稻假霉病的病原体，对全球水稻生产构成了严重威胁，降低了稻谷的产量和质量。我们的目标是开发快速且灵敏的检测方法，以实现及时发现和应对这一病害。我们对U. virens Uv-8b的整个基因组进行了BLASTn分析，并与NCBI NR数据库进行比对，以寻找仅属于U. virens的序列。仅保留了与U. virens基因组100%相同且与其它非目标物种没有同源性的候选基因。最终，我们选择了Uv-05919基因，用于开发常规PCR、定量PCR、重组酶聚合酶扩增（RPA）和环介导等温扩增（LAMP）检测方法。通过使用多个U. virens分离株以及非U. virens病原体来评估这些检测方法的特异性。所有开发的检测方法对U. virens均表现出高度特异性，且没有与非目标生物发生交叉反应。检测灵敏度阈值分别为：RPA为100 pg / 50 μL，LAMP为10 pg / 25 μL，qPCR为12个质粒拷贝/ 20 μL，conv-PCR为100 pg/ 25 μL。所有检测方法都能可靠地在受感染的水稻穗中检测到U. virens，而在健康对照样本中则无法检测到，这证明了这些方法在实际应用中的可行性。

图形摘要