从烤烟叶片中分离出的Leclercia adecarboxylata菌株TB492的完整基因组序列

《Microbiology Resource Announcements》：Complete genome sequence of Leclercia adecarboxylata strain TB492 isolated from flue-cured tobacco leaves

基因组测序与功能分析揭示Leclercia adecarboxylata TB492菌株的完整染色体特征及降解胡萝卜素能力

　　

摘要

在这里，我们公布了从烟叶中分离出的Leclercia adecarboxylata菌株TB492的完整基因组序列。该基因组由一个长度为4,734,680 bp的连续序列组成，覆盖率为100.0%，包含4,493个基因，GC含量为56.5%。

公告

可以从烟叶中分离出多种功能性微生物（1，2）。为了分离能够降解类胡萝卜素的菌株，我们使用振荡动作用无菌水清洗了5克切碎的烟叶样本（这些烟叶来自中国云南省，并已存放1年）。将悬浮液通过无菌纱布过滤后，于4°C、10,000 rpm的条件下离心10分钟进行浓缩。沉淀物在无菌水中依次稀释10倍（从10^?1到10^?6），然后在含有β-胡萝卜素作为唯一碳源的选择性培养基（β-胡萝卜素5 g/L、Na₂HPO₄ 6.15 g/L、KH₂PO₄ 1.52 g/L、(NH₄)₂SO₄ 1.5 g/L、MgSO₄·7H₂O 0.2 g/L、CaCl₂ 0.05 g/L和琼脂15 g/L）上培养48小时。最终分离出一个圆形、光滑的菌落，并将其反复划线纯化。这个菌落被命名为TB492。

将纯化的菌落在30°C下、200 rpm的摇床条件下、150 mL的LB培养基中培养6小时后，使用Promega公司的Wizard Genomic DNA Purification Kit按照制造商的说明书提取基因组DNA，并通过Turner BioSystems Inc.（Sunnyvale, CA）的TBS-380荧光计进行定量。相同的基因组DNA也被用于PacBio和Illumina文库的制备。对于Illumina测序，使用Covaris M220 Focused Acoustic Shearer将DNA剪切成400–500 bp的片段，并按照制造商的说明书进行处理。Illumina测序文库使用Bioo Scientific公司的NEXTflex Rapid DNA-Seq Kit制备，随后在Illumina NovaSeq平台上进行双端测序（2 × 150 bp）。对于PacBio测序，使用Covaris公司的G-tubes将基因组DNA剪切成约10 kb的片段，经过纯化、末端修复和连接SMRTbell测序接头（Pacific Biosciences, CA），最终在PacBio RS II平台上使用标准方法进行测序。

除非另有说明，所有软件均使用默认参数。共生成了8,163,428条Illumina原始读段，这些读段使用Trimmomatic v0.36进行质量筛选，并通过FastQC v0.12.1进行评估（3，4），最终得到7,690,188条合格读段（Q₃₀ = 94.50%）。PacBio测序共产生了74,601条读段（N₅₀ = 11,392 bp），未进行额外的质量控制。这些PacBio读段使用Unicycler v0.4.8进行组装（5），并与Illumina读段结合使用Pilon v1.24进行优化（6），最终得到一个连续的基因组序列。使用BUSCO v5.4.5（bacteria_odb10）（7）评估基因组的完整性，结果显示完整性为99.2%。基因注释使用NCBI Prokaryotic Genome Annotation Pipeline v6.10（8）完成。

使用GTDB-Tk v2.3.0（9）通过计算与GTDB数据库的平均核苷酸身份（ANI）来确定该基因组的分类归属。结果表明，该菌株与Leclercia adecarboxylata R25（GCF_006874705.1）的相似度最高，ANI值为98.77%，从而确认TB492菌株属于L. adecarboxylata。

L. adecarboxylata TB492的完整基因组由一个长度为4,734,680 bp的环状染色体组成，GC含量为56.5%。注释结果显示共有4,493个基因、84个tRNA和25个rRNA。TB492的总体基因组特征见表1。

致谢

本研究得到了中国甘肃省烟草工业有限公司和中国烟草产业发展中心项目的资助（项目编号：ZYSYQ-2022-07和ZYSYMM-2023-05）。