《Clinical Genetics》：Whole Exome Sequencing for Romanian Patients With Neurodevelopmental Disorders Through an International Collaboration
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本研究针对罗马尼亚神经发育障碍（NDD）患者诊断困难、遗传病因不明的现状，通过国际合作的NeuroMyoDredger项目，为54名患者提供了包含CNV和线粒体DNA分析的WES检测。研究取得了50%的诊断率，并发现了多种新变异，证明了将WES与CNV检测整合作为NDD一线诊断工具的有效性。该研究为罗马尼亚等地区优化NDD遗传诊断路径提供了关键数据和策略依据，具有重要的临床与公共卫生价值。
神经发育障碍（Neurodevelopmental Disorders, NDDs）是一大类严重影响儿童神经功能发育的疾病，常表现为认知、行为、语言或运动障碍。这些疾病病因复杂，但遗传因素在其中扮演了关键角色。在罗马尼亚，尽管遗传检测技术在近十多年有所发展，但患者仍然面临诊断困难、等待时间长、先进检测技术应用不均等诸多挑战。为了缩短这些患者的诊断旅程，并评估先进基因检测在特定医疗环境下的应用价值，一个名为NeuroMyoDredger的国际合作项目应运而生。
研究者们从罗马尼亚招募了54名具有非特异性神经发育障碍临床表征的未确诊患者，通过国际合作的平台，为他们提供了免费的单样本全外显子组测序（Whole Exome Sequencing, WES）检测，该检测不仅分析单核苷酸变异（SNVs）和小片段插入缺失（INDELs），还整合了拷贝数变异（CNV）和线粒体DNA（mtDNA）变异分析。这是针对罗马尼亚NDD患者群体的首项大规模WES研究。
本研究采用了多项关键技术方法。首先，通过国际合作的NeuroMyoDredger项目，收集了来自罗马尼亚的54名NDD患者的样本，构成了核心研究队列。其次，利用基于干血片的样本，在NovaSeq 6000平台上进行了WES，并使用了特定的捕获探针组，包括针对外显子组、线粒体基因组和部分基因重复扩增区域的探针。在生物信息学分析方面，研究者使用了3billion公司的EVIDENCE平台，该平台整合了多种算法，用于检测SNVs、INDELs、CNVs、移动元件插入、特定重复扩增、线粒体变异及纯合区域（ROH），并将序列比对至GRCh37参考基因组。最后，变异解释严格遵循了美国医学遗传学与基因组学学会（American College of Medical Genetics and Genomics, ACMG）的指南进行致病性评估。
结果
3 Results
研究者对54名NDD患者进行了WES检测，获得了显著的诊断结果。总体诊断率为50%（27例阳性结果），此外还有14.81%（8例）的报告为非确定性结果（意义未明的变异，VUS），其余35.19%（19例）为阴性结果。阳性结果中，以SNVs最多（13例），其次是6例INDELs、7例CNVs和1例非整倍体。
在阳性结果中发现了11个新变异，涉及EEF1D、BPTF、ZEB2、KAT6A、DMD、SON、ZBTB20、MAP1B、MECP2和EEF1A2等多个基因，这些变异与多种罕见或已知的NDD综合征相关。例如，患者ROU39携带的BPTF基因新变异与一种伴有特殊面容和肢体异常的罕见神经发育障碍有关。患者ROU40携带的10号染色体长臂缺失被成功检测，这展示了基于测序深度的CNV分析在WES中的实用性。非确定性结果中则包含了4个新报告的VUS和5个已知VUS，涉及CACNA1A、NOTCH3、KMT5B、TLK2等基因，为未来可能的变异重新分类提供了线索。
4 Discussion
4.1 NDDs Genetic Testing in Romania as a Public Health Concept
研究讨论部分首先指出，本研究中罗马尼亚NDD患者50%的诊断率与文献中报道的综合征性NDDs诊断率一致，且略高于整个NeuroMyoDredger项目中所有NDD患者的平均诊断率。这可能与大部分罗马尼亚患者在入组前未接受过广泛的遗传学检查有关。研究强调了对所发现的多个新变异和罕见病例进行报告的重要性，这不仅有助于丰富基因型-表型关联的知识，也对未来临床管理具有参考价值。
更重要的是，研究从公共卫生角度深入探讨了罗马尼亚NDD遗传检测的现状与未来。尽管罗马尼亚已建立了7个地区性医学遗传中心，并能提供从核型分析到WES等多种检测，但先进技术的可获得性、诊断周转时间（常长达数月甚至数年）以及地域可及性仍存在显著障碍。研究指出，目前罗马尼亚公共卫生系统提供的WES不包含CNV分析，这意味着本研究中通过WES检出的7例CNV和1例非整倍体（共8例）患者若在本地检测可能无法获得诊断，突显了整合多类型变异检测的WES方案的优势。
研究者主张，应将能够同时检测SNVs、INDELs、CNVs、线粒体变异等多种变异类型的单样本WES作为NDD的一线诊断工具。其诊断率高于染色体微阵列分析（CMA），且与全基因组测序（WGS）报告的诊断率相似，在成本效益上可能更具优势。研究呼吁，应以现有遗传中心为基础，构建更协调的国家级网络，以解决检测能力、结果解读和数据再分析等关键问题，并将NDDs的遗传检测纳入国家公共卫生战略。
综上所述，这项发表在《Clinical Genetics》上的研究首次系统报道了通过国际合作对罗马尼亚NDD患者进行综合性WES检测的结果。研究表明，整合了CNV和线粒体DNA分析的单样本WES在罗马尼亚NDD患者中实现了50%的高诊断率，有效缩短了患者的诊断历程，并发现了多个新的致病基因变异。该研究不仅为相关罕见病的基因型-表型图谱增添了新数据，更重要的是，它深刻揭示了罗马尼亚在NDD遗传诊断领域面临的机遇与挑战。研究结果强有力地支持了将综合性WES作为一线诊断策略的临床效用，并为罗马尼亚及其他面临类似挑战的地区，规划未来神经发育障碍的精准医疗路径和公共卫生政策提供了至关重要的实证依据和方向指引。
