Bra1K阵列：一种高效且多用途的1K液相SNP芯片，适用于中国白菜的遗传学研究和育种工作

《Theoretical and Applied Genetics》：The Bra1K array: an efficient and versatile 1K liquid-phase SNP chip for genetics and breeding in Chinese cabbage

甘蓝型油菜SNP芯片Bra1K基于GBTS技术开发，包含1002个专家筛选探针，整合开花调控基因BrFLC1、抗根瘤菌基因Crr5/CRs、病毒抗性基因retr02及头部颜色基因BrCRTISO1。验证显示其能有效支持系统发育分析（173份材料）、高密度遗传图谱构建（384/262标记）及抗性基因 introgression（97%轮回亲本基因组保留）。摘要：

　　

摘要

核心信息

Bra1K芯片是一种新型的1K液相SNP芯片，采用目标测序（GBTS）技术开发而成，为Brassica rapa的遗传研究和分子育种提供了一个多功能且高效的平台。

摘要

开发出成本效益高且高效的基因分型平台对于推进中国白菜（Brassica rapa L. ssp. pekinensis）的遗传学和育种工作至关重要。本文介绍了Bra1K芯片，这是一种基于目标测序（GBTS）技术的液相SNP芯片，包含1002个精心挑选的探针。该芯片包含了与关键农艺性状相关的标记，例如与开花相关的基因BrFLC1、抗根肿病的基因Crr5和CRs、抗芜菁花叶病毒的基因retr02以及使结球颜色变为橙色的基因BrCRTISO1，从而实现了有效的性状选择。我们通过多种应用验证了该芯片的实用性：对173个样本进行系统发育分析后，发现其群体结构与形态多样性一致；构建的两张高密度遗传图谱（分别包含384个和262个标记）帮助精确定位了位于A09染色体上的深黄色花瓣基因Br-drp1和位于A06染色体上的黄叶基因BrYL1。此外，在一项标记辅助回交实验中，Bra1K芯片成功引导Crr5基因快速整合到优良品系Y578-2中。仅经过两个回交周期和一代自交，我们就获得了纯合的抗根肿病导入系，这些导入系的回交亲本基因组恢复率超过97%。Bra1K芯片是一种可靠、实用且高效的基因分型工具，能够将遗传学研究与Brassica rapa的分子育种工作无缝结合。