新种Pedobacter terrestris sp. nov.和新种Pedobacter paludisoli sp. nov.，从湿地土壤中分离得到

《Current Microbiology》：Pedobacter terrestris sp. nov. and Pedobacter paludisoli sp. nov., Isolated from Wetland Soil

两种从韩国湿地土壤分离的革兰氏阴性、兼性厌氧、非运动 rods（AW1-32^T 和 MW01-1-1^T），基因组（5,091 kb 和 4,646 kb，G+C 38.5% 和 37.5%）及 16S rRNA（相似度 <96.7%）分析确认为新物种，命名为 Pedobacter terrestris（AW1-32^T=KACC 23850^T=JCM 37595^T）和 Pedobacter paludisoli（MW01-1-1^T=KACC 23866^T=JCM 37596^T）。

　　

摘要

从韩国的湿地土壤中分离出了两种革兰氏阴性、产生氧化酶和过氧化氢酶、兼性需氧、非运动性的杆状细菌，分别命名为AW1-32^T和MW01-1-1^T。AW1-32^T菌株可在10–37°C、pH 6.0–8.0以及0–3.5%（w/v）NaCl条件下生长，而MW01-1-1^T菌株则在10–37°C、pH 6.0–8.0以及0–1.5%（w/v）NaCl条件下生长。AW1-32^T和MW01-1-1^T菌株的基因组分别为5,091 kb和4,646 kb的单条染色体，其G+C含量分别为38.5 mol%和37.5 mol%。这两种菌株的16S rRNA基因序列相似度为95.6%，平均核苷酸同一性（ANI）为73.6%，数字DNA-DNA杂交（dDDH）结果为20.7%，这些证据支持将它们归类为不同的物种。基于16S rRNA基因序列和全基因组数据进行的系统发育分析表明，这两种菌株属于Pedobacter属的不同谱系。AW1-32^T菌株与所有标准菌株的16S rRNA基因序列相似度低于96.7%，平均核苷酸同一性低于74.8%，数字DNA-DNA杂交结果低于20.2%；MW01-1-1^T菌株与所有标准菌株的16S rRNA基因序列相似度低于97.9%，平均核苷酸同一性低于74.9%，数字DNA-DNA杂交结果低于20.8%，均低于物种划分的阈值。这些结果进一步证实了它们应被视为新物种。两种菌株的唯一呼吸醌类物质均为menaquinone-7，其主要脂肪酸（占比超过10%）为iso-C_15:0，以及C_16:1 ω7c和/或C_16:1 ω6c》。磷脂乙醇胺是主要的极性脂质。根据系统发育、表型和基因组特征，AW1-32^T和MW01-1-1^T菌株属于Pedobacter属的两个新物种，建议分别命名为Pedobacter terrestris sp. nov.（AW1-32^T = KACC 23850^T = JCM 37595^T）和Pedobacter paludisoli sp. nov.（MW01-1-1^T = KACC 23866^T = JCM 37596^T）。