胸腔积液和血浆的测序以诊断结核性胸膜炎

《NEJM Evidence》：Sequencing of Pleural Fluid and Plasma for Tuberculous Pleuritis

针对结核性胸膜炎（TBP）诊断灵敏度低的难题，本研究通过靶向测序分析 paired pleural fluid and plasma 中结核分枝杆菌DNA，结果显示测序诊断灵敏度达97.1%，显著优于传统培养法（47.1%）（n=329）。

　　

摘要

背景

结核性胸膜炎（TBP）的实验室诊断受到结核分枝杆菌在胸膜腔中数量稀少的限制，这导致基于胸腔液进行的微生物培养和聚合酶链反应（PCR）分析的敏感性较低。使用宏基因组下一代测序技术诊断TBP可能会受到非结核分枝杆菌DNA背景噪音的干扰。

方法

我们对新发胸腔积液患者的配对胸腔液和血浆样本进行了靶向测序，以分析结核分枝杆菌（M. tuberculosis）的DNA。我们使用了一种生物信息学比对算法，并对结核分枝杆菌基因组进行了处理，去除了与非结核分枝杆菌高度相似的序列区域。我们的主要结果是通过McNemar检验比较上述结核分枝杆菌测序方法与常规培养方法的诊断敏感性。

结果

在纳入的329名胸腔积液患者中，有34名患者被诊断为TBP。靶向测序在所有TBP病例的胸腔液中检测到了结核分枝杆菌DNA片段（中位数：每1000万读数中有267.6个读数；四分位数范围[IQR]：30.8–2644.3），而在295例非TBP样本中未检测到该DNA片段（中位数：0个读数；IQR：0–0）。当检测阈值设为2个读数/1000万时，靶向测序的TBP检测敏感性为97.1%，而结核分枝杆菌培养方法的敏感性为47.1%（P<0.001，McNemar检验）。测序得到的曲线下面积值为0.9996（95%置信区间：0.9988–1.0000），能够有效区分TBP和非TBP。使用相同的比对算法对血浆样本进行靶向测序后，曲线下面积值为0.9475（95%置信区间：0.8929–1.0000）。

结论

通过选择性屏蔽结核分枝杆菌基因组序列的胸腔液靶向测序能够准确诊断TBP，并且其性能优于传统的诊断方法。（该研究得到了InnoHK和香港结核病、胸科及心脏病协会的支持；ClinicalTrials.gov注册号为NCT05397730。）

您是否属于大学或医院等机构？了解更多关于机构访问的信息

通过您的机构进行访问