在HPV阴性的局部晚期头颈部鳞状细胞癌患者中，使用定制的基于NGS技术的肿瘤信息检测方法进行围手术期循环肿瘤DNA的检测

《International Journal of Cancer》：Peri-Operative Detection of Circulating Tumor DNA Using a Customized NGS Tumor-Informed Assay in Patients With HPV-Negative Locally Advanced Head and Neck Squamous Cell Carcinoma

循环肿瘤DNA检测用于HPV阴性局部进展头颈部鳞癌术前术后监测，开发11基因NGS肿瘤特异性分析 panel，病理变异检出率83.3%，肿瘤特异性变异检出率100%，术前ctDNA阳性率肿瘤特异性变异74.3% vs 病理性变异37.1%，术后分别37.1%和2.5%，病理变异与低无进展生存期相关。

　　

摘要

循环肿瘤DNA（ctDNA）是优化局部晚期头颈部癌症（LAHNSCC/HPV?）患者治疗策略的一种有前景的工具。本研究旨在使用定制的下一代测序（NGS）肿瘤检测方法，评估术前和术后循环肿瘤DNA的检测情况。我们进行了一项前瞻性研究，纳入了接受初次手术治疗的LAHNSCC/HPV?患者。我们开发了一种NGS检测方法，覆盖11个基因的外显子，用于肿瘤和ctDNA的分析。DNA变异根据两类变异进行解读：“致病性变异”在公共数据库中被归类为4级或5级；“肿瘤特异性变异”则是在使用相同NGS试剂盒对正常细胞DNA进行配对分析后仅在肿瘤DNA中检测到的变异。共有40名患者参与研究，其中45%为T4期，62.5%为N+期。在肿瘤特征方面，检测到41个“致病性变异”，占具有至少一种变异的36个肿瘤中的30个（83.3%）；而“肿瘤特异性变异”在35个具有至少一种变异的肿瘤中均被检测到（100%）。对于ctDNA，使用肿瘤特异性变异进行检测时，术前阳性率为74.3%，术后为37.1%；而使用致病性变异进行解读时，术前阳性率分别为20%和2.5%。根据致病性变异判断的术前ctDNA阳性与较低的无进展生存期相关（p = 0.025）。我们定制的11基因NGS肿瘤检测方法具有较高的ctDNA检测率，可用于评估LA HNSCC/HPV?患者的新治疗策略。

图形摘要

循环肿瘤DNA是优化局部晚期头颈部癌症（LAHNSCC/HPV?）患者治疗策略的一种有前景的工具。本文作者基于11个基因的下一代测序试剂盒，结合肿瘤和正常细胞的DNA分析，设计了一种定制检测方法。该检测方法在所有样本中均检测到了至少一种肿瘤变异，并提供了术前和术后ctDNA的详细检测结果。这种新的肿瘤检测方法可作为此类头颈部癌症患者前瞻性研究的依据。

披露信息

部分研究结果（致病性变异的解读）已在2023年ESMO大会上展示。

利益冲突

作者声明没有利益冲突。

数据可用性声明

支持本研究结果的数据可向通讯作者提出合理请求后获取。