《European Journal of Clinical Microbiology & Infectious Diseases》：Vancomycin-resistant Enterococcus faecium: a national wide genomic snapshot in Switzerland
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本期刊物推荐一项针对瑞士耐万古霉素屎肠球菌（VREfm）的首次全国性基因组研究。面对VREfm感染率上升的公共卫生挑战，研究者通过对2024年2月至3月采集的78株菌株进行全基因组测序，揭示了ST80和ST612两大克隆是主要流行株，并发现了其在不同州际间的隐秘传播。该研究强调了建立全国性基因组监测系统、以协同防控高风险VREfm克隆的必要性。
抗生素耐药性的“幽灵”正在全球医院系统中悄然蔓延，其中耐万古霉素屎肠球菌（Vancomycin-resistant Enterococcus faecium, VREfm）便是最令人棘手的“超级细菌”之一。这类细菌不仅对万古霉素等糖肽类抗生素产生耐药，其固有的多重耐药性使得临床治疗选择变得极为有限。在欧洲，VREfm已成为医疗相关感染的重要威胁。在瑞士，虽然VREfm的流行率相较于其他欧洲邻国较低，但数据显示其病例在过去十年中呈增长趋势，并且在大型医院和医疗中心曾暴发过局部疫情。一个更令人担忧的信号是，2024年初瑞士出现了对“最后一道防线”药物之一——达托霉素敏感性降低的VREfm菌株，这引发了全国警报。然而，由于缺乏全国性的基因组监测，不同克隆在医疗机构间、乃至不同州（Canton）之间的传播情况始终是一个“黑箱”。为了填补这一知识空白，瑞士的研究人员开展了一项全国性的基因组调查，旨在绘制一张清晰的VREfm“基因地图”，以回答关键问题：当前在瑞士流行的主要VREfm克隆是哪些？它们是如何传播的？又携带了哪些耐药“武器”？
为了回答这些问题，一项题为《Vancomycin-resistant Enterococcus faecium: a national wide genomic snapshot in Switzerland》的研究在《European Journal of Clinical Microbiology & Infectious Diseases》上发表。研究者们是如何开展这项研究的呢？在联邦公共卫生办公室的协调下，全国所有诊断实验室在2024年2月至3月期间提交了收集到的VREfm分离株。研究人员最终对来自17个州的78位患者的分离株进行了分析。首先，他们通过质谱（MALDI-TOF）确认菌种，并使用肉汤微量稀释法进行全面的抗生素敏感性测试，涉及万古霉素、达托霉素、利奈唑胺等10余种抗生素。随后，他们利用Illumina平台对所有分离株进行了全基因组测序（Whole Genome Sequencing, WGS）。通过生物信息学分析，他们确定了菌株的序列分型（Sequence Type, ST）、核心基因组多位点序列分型（cgMLST）谱系、以及耐药基因（resistome）和染色体突变谱。cgMLST等位基因差异小于或等于5个的菌株被定义为属于同一传播簇。
研究结果
1. 菌株特征与样本来源
研究人员分析了来自17个不同州的78株VREfm分离株。其中大部分样本（n=55）来自筛查程序（如直肠或肛周拭子、粪便样本），其余则来自尿液（n=11）或其他临床标本（n=7）。
2. 抗生素敏感性与耐药决定簇
药敏试验证实了这些医院相关菌株典型的多重耐药特征。所有72株vanA阳性菌株均表现出对万古霉素和替考拉宁的高水平耐药。相反，对利奈唑胺和替加环素等最后防线药物的耐药性仍不常见。达托霉素的MIC（最小抑菌浓度）值在1至8 mg/L之间，部分菌株位于敏感性剂效依赖（Susceptible Dose-Dependent, SDD）临界值（≤4 mg/L）的上限。耐药基因分析显示，所有78个基因组都携带了万古霉素耐药决定簇，主要是vanA（N=72），少数是vanB（N=6）。氨基糖苷类、大环内酯类、链阳性菌素类、β-内酰胺类和氟喹诺酮类相关的耐药基因或突变普遍存在。所有ST612分离株均携带与达托霉素敏感性降低相关的liaR和liaS突变，但并未观察到表型耐药。
3. 序列分型、基因组簇和van转座子结构**
多位点序列分型（MLST）分析显示，绝大多数菌株属于ST80（N=43）和ST612（N=14），两者均属于医院相关克隆复合体17（Clonal Complex 17）。cgMLST分析揭示了显著的遗传多样性，并识别出8个明确的基因组簇，每个簇涉及2至17名患者。其中，ST80-Q簇（17名患者）局限在同一个州内，表明是一次局部暴发。相反，ST612-C簇（14名患者）分布在7个州的8家医院和2家私人诊所中，其等位基因差异极小（0-3个），提示存在隐秘的州际传播。对van转座子结构的分析表明，在ST80和ST117谱系内部，存在不同的vanA转座子结构，暗示了van质粒的独立获得事件。而在同一基因组簇内（如ST80-Q和ST612-C），vanA转座子结构基本保守，支持了克隆传播的假说。
结论与讨论
这项研究提供了瑞士VREfm的首次全国性基因组概览，揭示了医院相关A1分支谱系，特别是ST80和ST612的主导地位。ST612在七个州内极低的等位基因差异（0-3个）表明其近期发生了克隆扩张，并可能存在跨机构传播。ST80则形成了多个亚簇，包括局限于单一州的ST80-Q暴发簇，以及包含了所有4株利奈唑胺耐药（携带cfr基因）菌株的ST80-S簇。耐药基因组分析确认了A1分支典型的多重耐药特征，vanA基因占据主导地位。尤为重要的是，所有ST612分离株均携带与达托霉素敏感性降低相关的liaR和liaS突变，这些突变虽不足以导致高水平表型耐药，但可能是耐药性进化的早期标志，结合部分菌株达托霉素MIC值处于临界高值的情况，提示需警惕潜在风险。
该研究也指出了自身的局限性，如仅有两个月的采样窗口，属于一个“快照”式研究，未能进行质粒水平分析和追踪患者流行病学数据等。尽管如此，其结论明确而紧迫：ST80和ST612这两种高风险VREfm克隆已在瑞士出现并传播，既有局部暴发，也存在隐秘的跨州扩散。这些发现突显了对VREfm进行全国性基因组监测的极端必要性。只有通过基因组学的高分辨率“眼睛”，结合跨州协调和实时数据整合，才能及时发现、追踪并遏制这些高危克隆的传播，从而保护所剩无几的有效治疗选择，维护公共卫生安全。
