一种基于TaqMan的新型RT-qPCR检测方法，用于检测PEDV病毒并区分其G2c亚型

《Archives of Virology》：A novel TaqMan-based RT-qPCR assay for the detection of PEDV and discrimination of the G2c subtype

PEDV G2c亚型快速检测方法研究。开发双联RT-qPCR技术，通用引物靶向N基因，G2c特异性引物针对S基因突变位点，灵敏度达10 copies/μL，特异性100%，验证通过人工感染和临床样本（n=18），检出13例PEDV阳性，6例G2c亚型经测序确认。

　　

摘要

猪流行性腹泻病毒（PEDV）G2c亚型已成为一种日益普遍的变异株，导致中国养猪业出现大规模疫情、高死亡率和严重的经济损失。由于缺乏特异性和高效的检测方法，其监测、早期发现和控制受到阻碍。本研究开发了一种基于TaqMan-MGB探针的双链定量实时逆转录PCR（RT-qPCR）检测方法，用于同时检测所有PEDV毒株并区分G2c亚型。设计了针对PEDV保守N基因的通用引物/探针，以及针对S基因独特突变位点的G2c特异性引物/探针。该方法经过性能验证，包括特异性、灵敏度和重复性测试，并通过人工感染模型和临床样本进行了进一步评估。标准曲线表现出优异的线性（R2 > 0.999），扩增效率分别为99.1%（泛PEDV）和98.4%（G2c）。检测限（LOD）为Pan-pedv 10拷贝/μL，G2c亚型100拷贝/μL。该方法与11种常见的猪腹泻相关病原体无交叉反应，且G2c特异性通道仅能识别G2c亚型。检测内的变异系数（CV）和检测间的变异系数（CV）分别小于1.40%和0.62%，证实了其良好的重复性。在人工感染模型中，该检测方法能够检测到粪便中病毒载量的动态变化，结果与单链RT-qPCR一致。在临床样本检测（n = 18）中，共检测出13份PEDV阳性样本，其中6例G2c阳性样本通过Sanger测序得到验证。总体而言，这种双链RT-qPCR检测方法具有灵敏度高、特异性强和可靠性好的特点，为PEDV G2c亚型的快速诊断、流行病学监测和针对性控制提供了有力工具。