综述：探索植物中的miRNA非编码RNA（CeRNA）领域：进展、方法与挑战

《Theoretical and Applied Genetics》：Exploring the CeRNA landscape in plants: advances, methods, and challenges

本文综述植物ceRNA机制，揭示其与动物ceRNA在序列、互作及功能上的差异，总结其在抗旱、耐盐及抗病中的调控作用，并探讨单细胞测序与空间转录组学等先进技术与多组学整合的应用，提出需开发植物专用预测模型及整合空间信息的多组学方法，以突破研究瓶颈，为作物改良提供新策略。

　　

摘要

从动物到植物，提出的竞争性内源性RNA（ceRNAs）机制扩展了我们对基因调控的理解，表明存在一个涉及RNA分子的复杂“通信网络”。在植物基因调控研究中，ceRNAs的研究不断揭示出控制基因表达机制的精确性和复杂性方面的新见解。研究表明，ceRNAs可能在植物的生命活动中发挥关键的微调作用，这些活动涵盖了从生长发育到应激反应的各个方面。然而，植物ceRNAs在序列特征、相互作用方式和功能方面似乎与动物ceRNAs存在差异。本综述概述了迄今为止关于植物ceRNAs的研究，揭示了动物和植物之间的关键差异，并总结了ceRNAs与应激反应（如干旱、盐度和疾病）以及信号转导和激素调控之间关系的研究进展。此外，还讨论了结合尖端技术（如单细胞测序和空间转录组学）与多组学工具来全面研究植物ceRNAs的研究方法。我们的分析表明，ceRNAs网络具有植物特有的特征，这带来了独特的研究挑战。这些挑战包括现有生物信息学工具的预测准确性有限，以及在复杂植物组织中进行功能验证的难度。为了克服这些障碍，我们建议未来的研究应优先开发针对植物的预测模型，并将多组学数据整合到空间分辨的背景下。最终，揭示植物ceRNAs网络不仅将填补转录后调控方面的关键知识空白，还将为作物改良提供新的策略。