吼猴Platy-1及其Alu SINEs序列：Alouatta基因组研究的宝贵资源

《Mobile DNA》：Howler monkey Platy-1 and Alu SINEs: a resource for Alouatta genomics

　　

摘要

最近发现了两个特定于某些谱系的Platy-1 SINE（短插入元件）亚家族，它们在卷毛吼猴（Alouatta palliata，简称AloPal_v1）的基因组中具有活性。这一发现促使研究人员通过聚合酶链反应（PCR）技术对这些亚家族在群体遗传学研究中的应用潜力进行了分析。通过与安第斯山脉东部物种A. sara的DNA进行比较，发现其多态性率为30%。同时，研究人员还发布了来自安第斯山脉东部支系的六种Alouatta物种的新基因组序列以供对比。与其它卷尾猴科（Atelidae）物种相比，A. palliata中年轻型的Alu SINE元件能够更稳定地被扩增，同时存在少量源自AluTa15的插入序列。虽然Alu移动元件插入（MEIs）已被广泛用于灵长类动物系统发育的研究，但SINE元件在卷毛吼猴（Alouatta）亲缘关系研究中的应用尚未得到充分探索。本研究提供了关于A. palliata中335个年轻Alu元件的系统发育相关存在/缺失数据，以及针对A. palliata、A. caraya、A. belzebul、A. discolor、A. seniculus puruensis、A. s. juara和A. macconnelli等物种的600多个Platy-1 MEIs的特异性PCR扩增所用寡核苷酸候选序列。这些数据集为卷毛吼猴的系统发育研究、群体遗传学分析以及野生种群的保护策略提供了宝贵的“同源”MEIs资源。