两种中国野猪（Sus scrofa）的染色体级基因组组装

《Scientific Data》：Chromosome-level genome assembly of two Chinese wild boars (Sus scrofa)

　　

摘要

野猪（Sus scrofa）是中国广泛分布的本土野生动物，在多种生态系统中发挥着重要作用。目前关于野猪的研究主要集中在它们的地理分布、流行病学调查以及与家猪的遗传关系上。然而，我们对野猪基因组特征的了解仍然有限。在这里，我们利用PacBio HiFi和Hi-C测序技术，为中国野猪生成了两个高质量的染色体级基因组组装序列。这些基因组组装的平均大小为2.62 Gb，平均contig长度为58.0 Mb，scaffold长度为140.2 Mb。两个基因组均成功定位到了18条常染色体和X染色体上。根据Benchmarking Universal Single-Copy Orthologs（BUSCO）评估，基因组的完整性高达96.3%。总共注释了25,851个蛋白质编码基因，其转录组BUSCO完整性得分为94.4%。我们检测到1.24 Gb的重复序列，占基因组的47.31%，其中逆转录元件占38.26%，其中LINEs（长散布核苷酸重复序列）最为常见。本研究提供的这两个高质量基因组组装为未来的研究提供了宝贵的基因组资源，并将有助于野猪遗传多样性的保护和管理。