携带mcr基因的细菌的全球分布：基于基因组数据的分析

《BMC Medical Genomics》：Global distribution of mcr-carrying bacteria: an analysis of genomic data

　　

摘要

背景

可移动的粘菌素耐药性（mcr）基因已成为粘菌素耐药性的主要驱动因素。因此，本研究旨在确定按样本收集时间以及在不同大陆、国家、属、物种和生态系统中共存于NCBI数据库中的mcr变体及其携带基因组的分布情况。

方法

在这项数据库挖掘研究中，使用关键词“mcr”来识别截至2025年6月7日12:15 GMT时存入NCBI病原体检测数据库的所有携带mcr的基因组。本研究采用纯描述性方法，通过将事件数量除以总事件数量来计算百分比（百分比 = n/N × 100）。

结果

在NCBI数据库中注册的2422739个全基因组中，有18785个（0.78%）携带完整的mcr变异序列。检测到77种mcr亚变体，其中主要为mcr-1.1（9431/18785；50%）和mcr-9.1（5971/18785；32%）。mcr-9.1在多个属中最为常见，包括Serratia属（17/17；100%）、Cronobacter属（155/160；97%）和Pluralibacter属（19/20；95%），而mcr-1.1在Escherichia和Shigella属中最为常见（8235/9678；85%）。从地理分布来看，mcr-1.1在亚洲（6759/9033；75%）和欧洲（1886/4680；40%）最为普遍，而mcr-9.1在美洲（2982/4017；74%）和大洋洲（546/771；71%）最为常见。在非洲，mcr-10.1（52/160；33%）和mcr-1.1（50/160；31%）是最常见的亚变体。存入NCBI数据库的携带mcr的基因组分布于不同的生态系统中，包括人类（n = 8185）、动物（n = 4521）、环境（n = 468）和食品（n = 48）。携带mcr的细菌的样本收集年份范围从1953年到2025年，其分布情况如下：1953–1990年（n = 49）、1991–1999年（n = 47）、2000–2009年（n = 704）、2010–2019年（n = 12810）和2020–2025年（n = 4297）。另一个关键发现是，在NCBI数据库中存储的18785个携带mcr的基因组中有705个（3.8%）携带多个mcr基因，其中693个基因组携带两个mcr基因，12个基因组携带三个mcr基因。

结论

携带mcr的细菌因其在粘菌素耐药性中的重要作用及其全球传播潜力而成为“同一健康”（One Health）领域的重要问题。应采取关键措施，如全球监测、同一健康监测和适当的管理，以保持粘菌素的有效性数十年。