VO：疫苗本体（Vaccine Ontology）

《Scientific Data》：VO: The Vaccine Ontology

　　

摘要

疫苗在研究和临床领域中被广泛使用。为了促进数据管理的公平性（FAIR，即Fairness, Accuracy, Relevance, and Integrity），我们迫切需要标准化疫苗的表示方式，整合不同类型疫苗的信息，并支持计算机辅助的推理。为此，自2007年以来，我们开发了基于社区的疫苗本体（Vaccine Ontology，简称VO）。该本体遵循基本形式本体（Basic Formal Ontology）的规范，并遵守OBO Foundry的原则。VO对疫苗、疫苗成分、疫苗引发的免疫反应、疫苗相关研究以及其他疫苗相关主题进行了本体建模。VO涵盖了针对289种人类感染性病原体和癌症以及30多种非人类动物物种的1万多种疫苗。它还提供了与外部资源（如RxNorm、CVX、FDA和USDA）的映射关系。VO有助于在VIOLIN疫苗数据库、ImmPort和疫苗佐剂手册（Vaccine Adjuvant Compendium，简称VAC）等资源中实现疫苗的标准化。此外，VO支持对疫苗数据的语义查询，已被证明能够提升实验和临床疫苗数据集的分析效率，以及疫苗相关文献的挖掘能力。总体而言，VO标准化了疫苗的建模和表示方式，极大地推动了语义网时代下的疫苗人工智能研究。