通过 epi-Patho-DBiT 在人类淋巴瘤石蜡包埋（FFPE）组织中空间解码与基因型相关的表观遗传景观

《Nature Communications》：Spatially decoding genotype-associated epigenetic landscapes in human lymphoma FFPE tissues via epi-Patho-DBiT

　　

摘要

尽管经福尔马林固定、石蜡包埋（FFPE）处理的样本对人类非霍奇金B细胞淋巴瘤的转化研究具有无可估量的价值，但针对这些组织中染色质可及性和组蛋白修饰的空间分析方法仍然有限。在这里，我们介绍了epi-Patho-DBiT这一平台，它结合了FFPE组织的反向交联技术以及基于测序的空间分辨染色质可及性检测方法（spatial-FFPE-ATAC），或者是在目标位点进行切割和标记的技术（spatial-FFPE-CUT&Tag）。利用spatial-FFPE-ATAC，我们绘制了黏膜相关淋巴组织和滤泡性淋巴瘤中的表观遗传图谱，识别出与B细胞恶性转化相关的染色质变异，并解析了肿瘤的核型。有丝分裂年龄的推断揭示了肿瘤的空间动态特征，并发现了胆固醇介导的细胞增殖现象。此外，spatial-FFPE-CUT&Tag技术还阐明了滤泡性淋巴瘤向弥漫大B细胞淋巴瘤转化过程中的基因组改变，并鉴定出H3K4me3和H3K27me3水平异常的DIP2C基因。出乎意料的是，我们在含有肿瘤促进基因的2号染色体位点观察到了H3K27me3的高表达，这归因于该基因的拷贝数扩增，从而导致转化后的弥漫大B细胞淋巴瘤中该基因的上调。