野生中国山药（Dioscorea opposita）的染色体水平基因组组装

《Scientific Data》：Chromosome-level genome assembly of the wild Chinese yam Dioscorea opposita

　　

摘要

Dioscorea opposita是一种原产于东亚的多年生雌雄异株藤本植物，因其同时作为食物来源和传统药材的价值而具有重要的经济意义。在这项研究中，我们结合了PacBio、BGI和Hi-C测序技术，构建了该物种的高质量染色体级参考基因组。组装后的单倍体基因组大小约为430.73 Mb，其中94.33%的序列被锚定在20条假染色体上。分析结果表明，该物种不仅经历了最近一次六倍体化事件（2n = 6x = 120），还携带了早期多倍体化事件留下的基因组特征。我们共注释了24,960个蛋白质编码基因，其中93.58%的基因具有功能信息。重复序列占基因组的65.93%，其中LTR元件是最丰富的成分（占比48.00%）。BUSCO工具验证了基因组组装和基因注释的高完整性。这一基因组资源为研究Dioscorea属植物的性别决定机制、适应性进化及基因组多样性提供了重要参考，并为该植物的遗传改良、种质资源保护和可持续利用奠定了坚实基础。