基于GBS（Genome Sequencing by Batch）技术获得的Labeo catla（Hamilton, 1822）全基因组SNP标记的首张高密度连锁图谱

《Scientific Data》：First high-density linkage map based on GBS derived genome wide SNP markers in Labeo catla (Hamilton, 1822)

　　

摘要

Labeo catla 是一种具有商业价值的印度主要鲤鱼品种，但其遗传改良一直受到缺乏高分辨率基因组资源的限制。我们首次构建了基于高密度SNP的遗传连锁图谱，并将相关基因组数据集存储在公共数据库中。通过对五个全同胞家族（CF1、CF5、CF7、CF8和CF11）中的196个个体（10对亲本和190个后代）进行基因分型（Genotyping-by-Sequencing，GBS），生成了133.94 GB的原始序列数据。利用782个信息丰富的SNP标记和Kosambi的映射算法，我们确定了25个完整的连锁群（LGs），这与L. catla的单倍体核型（n = 25）一致。该基因组图谱的总遗传距离为1279.8 cM，平均标记间隔为1.63 cM。除了连锁图谱的构建外，这些标记还被用于定位668个之前未定位的基因组片段，从而将L. catla草图基因组的502.33 Mb（占49.29%）组织成伪染色体。其中，LG2是最大的伪染色体（213.83 Mb），LG4是最小的（1.8 Mb），平均染色体大小约为36.39 Mb。比较基因组分析显示，L. catla与Labeo rohita之间存在广泛的染色体共线性及保守的基因序列一致性，而与Danio rerio相比则表现出显著的结构差异。这一高密度基因组图谱及后续的染色体级基因片段定位为定位克隆、标记辅助选择（MAS）以及快速生长和抗病性等性状的定量性状位点（QTLs）的鉴定提供了关键的支持，有助于加速该物种在亚洲水产养殖中的遗传改良。