序列编码的区域突变可塑性决定因子：结核分枝杆菌（Mycobacterium tuberculosis）及其他细菌中PE_PGRS基因的比较分析

《Scientific Reports》：Sequence-encoded determinants of regional mutational plasticity: comparative analysis of PE_PGRS genes in Mycobacterium tuberculosis and other bacteria

　　

摘要

结核分枝杆菌中的PE_PGRS基因家族在不同基因型间表现出显著的序列变异性，这与抗原多样性相符。本文探讨了尽管缺乏水平基因转移，Mtb如何通过适应性可塑性来维持基因组的稳定性。通过对88个细菌基因组的比较分析，发现PE_PGRS基因具有促进突变的能力，其CGGC四联体密度显著高于平均水平（平均每100个核苷酸有4.97个，范围为1.7–7.4个，p = 0.011），且该基因家族中的移码终止密码子较少，这可能使得1个或2个核苷酸的移码作用更为稳定。计算预测表明，CGGC序列基序可能促进DNA二级结构的形成，从而干扰复制过程并导致复制错误；而移码终止密码子的缺乏则使得翻译能够在移码后继续进行，进而引发蛋白质序列和长度的变化。这种双重机制或许解释了结核分枝杆菌的适应性，并可能揭示了某些病原体在水平基因转移受到严格限制的情况下的进化规律。我们提出，富含CGGC序列的区域可能在多种微生物中充当 programmmed mutation hotspots（即程序性突变热点）。

newItem们……（正文内容在此处插入）