环状RNA分析揭示了幼年豹纹石斑鱼（Plectropomus leopardus）早期体色转变的调控因子

《BMC Genomics》：Circular RNA profiling uncovers regulators of early body color transition in juvenile leopard coral grouper (Plectropomus leopardus)

摘要

背景

豹纹珊瑚石斑鱼是一种具有较高经济价值的养殖物种，其市场价值受其体色的影响。目前关于其体色变化的研究主要集中在成体阶段，而早期发育机制仍不明确。环状RNA（circRNA）在多种生理过程中起着重要的调控作用，包括色素形成。本研究旨在探讨circRNA在豹纹珊瑚石斑鱼早期体色形成中的作用。

结果

通过分析透明期（26天龄）和新着色红色期（30天龄）幼鱼的皮肤组织，我们发现了42个差异表达的circRNA。这些circRNA的来源基因在Hedgehog信号通路、cAMP信号通路和类胡萝卜素代谢等途径中富集。研究发现4个关键的circRNA，进一步通过circRNA-miRNA网络分析表明它们参与了黑色素合成、色素细胞发育和类胡萝卜素代谢过程。qPCR验证结果与测序分析结果一致。

结论

本研究首次揭示了豹纹珊瑚石斑鱼在早期体色转变过程中的circRNA表达谱，揭示了一个潜在的转录后调控网络。这些发现为色素形成机制提供了新的见解，并为通过分子辅助手段改良体色性状提供了有价值的候选基因。

图形摘要

此图片的替代文本可能是由AI生成的。

图解说明：本研究对26天龄（PT）和30天龄（PR）的豹纹珊瑚石斑鱼（P. leopardus）样本进行了circRNA测序分析。通过差异表达分析确定了差异表达的circRNA，并发现这些circRNA在关键生物通路中富集。通过将miRNA与circRNA关联，构建并验证了一个miRNA-circRNA调控网络，该网络通过定量PCR（qPCR）得到了验证。图片元素由BioGDP.com [1]平台提供。

图解说明：本研究对26天龄（PT）和30天龄（PR）的豹纹珊瑚石斑鱼（P. leopardus）样本进行了circRNA测序分析。通过差异表达分析确定了差异表达的circRNA，并发现这些circRNA在关键生物通路中富集。通过将miRNA与circRNA关联，构建并验证了一个miRNA-circRNA调控网络，该网络通过定量PCR（qPCR）得到了验证。图片元素由BioGDP.com [1]平台提供。