综述：一项关于DNA甲基化生物标志物的范围综述，用于在CpG位点水平上无创检测结直肠癌

《Clinical Epigenetics》：A scoping review of DNA methylation biomarkers for non-invasive detection of colorectal cancer at the CpG site level

摘要

结直肠癌筛查项目在全球范围内已得到广泛建立，但大多数应用的方法具有侵入性、准确性不足或接种率较低。多项研究指出，DNA甲基化生物标志物是替代现有诊断工具的有希望的替代方案。然而，目前关于这一主题的综述缺乏关于所分析生物标志物中CpG位点确切位置的信息。由于相邻的CpG位点可能产生不同的临床效应，因此精确识别所分析的具体CpG位点对于确定其临床意义和在各种研究中达成共识至关重要。本综述旨在探讨科学文献中CpG位点信息的可获取性，绘制这些标志物的CpG位点图谱，并汇总来自研究相同CpG位点群体的研究的数据准确性。我们系统地搜索了MEDLINE?、EMBASE和Scopus数据库，最后一次搜索是在2025年3月13日进行的。在Covidence中筛选出共计6180条记录，最终纳入了149篇文章。其中4篇（2.7%）论文提供了准确的CpG位点信息。通过对论文中的寡核苷酸序列进行BLAST搜索，另外109篇（73.2%）论文的CpG位点位置也被确定下来。对于剩余的36篇（24.1%）没有CpG位点定位信息的论文，有26篇使用了商业试剂盒。研究最多的三个基因是SEPTIN9、SDC2和SFRP2。我们绘制了这些基因的CpG位点图谱，以识别在不同研究中的重复位点。在分析SEPTIN9的22篇论文中，有16篇论文共涉及3个CpG位点；在分析SDC2的19篇论文中，有7篇论文对一个CpG位点达成了一致意见；而在报告SFRP2的13篇论文中，有7篇论文分析了8个相同的CpG位点。最后，我们根据各研究是否针对同一基因内的同一组CpG位点对所有研究进行了分类。对于至少在两篇论文中被研究的基因，我们总结了每种CpG位点的报告准确性数据，包括平均值、最小值和最大值。本综述发现，在非侵入性结直肠癌检测相关研究中，关于所分析CpG位点的报告存在严重缺失，这给跨研究比较结果带来了挑战。