摘要
已有研究表明，肿瘤内的三级淋巴组织（TLS）的存在与肝细胞癌（HCC）的复发率降低有关。然而，HCC中TLS的细胞特征及其驱动机制尚不清楚。在本研究中，我们通过全外显子测序、批量RNA测序和单细胞RNA测序，比较了339名属于不同TLS组的HCC患者的临床结局。结果显示，肿瘤内的TLS显著与HCC的无复发生存率提高相关（P = 0.00013），且TLS的成熟度越高，预后越好（P = 0.00033）。一个与B细胞相关的七基因特征能够有效预测TLS的存在（曲线下面积 = 0.78）和患者的预后，其性能优于先前报道的特征，并通过空间转录组数据得到了原位验证。批量和单细胞转录组分析显示，TLS阳性（TLS+）肿瘤具有免疫活性，并且与免疫治疗反应特征高度相关。IgG产生型浆细胞作为TLS+肿瘤中的关键效应细胞亚群，表现出克隆扩增、体细胞突变和高亲和力抗体产生。在潜在的肿瘤相关TLS基因中，HAPLN3在TLS+ HCC中过表达，并可诱导高血清抗体滴度（P = 0.0032）。空间转录组分析和体内实验证实，HAPLN3能够促进B细胞活化，从而抑制肿瘤生长。在原位小鼠模型中，给予HAPLN3蛋白表现出免疫刺激和抗肿瘤作用。这些发现表明，针对TLS相关的B细胞反应或利用HAPLN3特异性免疫可能为改善HCC的免疫治疗效果提供新的途径。
数据可用性
scRNA-seq数据来自我们之前发表的文章，可以在中国国家生物信息中心（CNCB）的基因组序列档案库（https://ngdc.cncb.ac.cn/gsa-human/）中获取，访问代码分别为HRA008254、HRA005007和HRA005769（35、36、66）。空间转录组数据也来自我们发表的研究，可以通过CNCB的OMIX数据库（https://ngdc.cncb.ac.cn/omix/）获取，访问代码为OMIX004350（35）。公共批量RNA数据集来自GEO数据库，访问代码为GSE14520。本研究中使用的TCGA-LIHC数据集从UCSC Xena下载（http://xena.ucsc.edu/，数据库名称为Genotypes and Phenotypes Study Accession phs000178）。本研究中新生成的多组学数据，包括WES、批量RNA-seq和scRNA-seq数据集，已存放在CNCB的BioProject ID PRJCA055584下，访问代码分别为OMIX014337、OMIX014338和HRA016173。
