导管原位癌患者后续发生第二侧乳腺病变的转录组预测因子：一项涵盖黑人与白人女性的病例对照研究

《Breast Cancer Research》：Transcriptome predictors of second breast events in ductal carcinoma in situ: a case?control study including Black and White women

　　

摘要

背景

被诊断为导管原位癌（DCIS）的黑人女性患二次乳腺癌事件（SBEs）的风险显著更高，这包括同侧和対侧复发，但在分子生物标志物研究中，与非西班牙裔白人女性相比，她们的代表性仍然不足。

方法

我们对“存档乳腺组织资源”（Resource of Archival Breast Tissue）队列中的200个DCIS样本进行了RNA测序，其中33%的样本来自自我报告为黑人的女性。我们将转录组数据和临床数据相关联，以识别SBEs的预测因子。在1999年至2019年间发生SBEs的病例（n = 100）与对照组（n = 100）按照年龄、种族和切除边缘状态进行了1:1匹配，这些对照组在相同随访期间未出现任何事件。RNA测序使用Illumina NovaSeq 6000平台完成，从200个样本中的141个样本中获得了高质量的转录组谱型（包含13,460个蛋白质编码基因）。通过差异基因表达和通路分析来识别SBE风险的分子预测因子。

结果

主成分分析表明，转录组变异与种族和随访持续时间相关。四个基因CHGB、RBM20、SYP和SYNJ2BP与同侧SBEs显著相关（FDR P值 < 0.05）。与对照组相比，干扰素-α信号通路在DCIS病例中富集最为显著。基因特征因复发部位（例如対侧SBEs）和协变量（包括自我报告的种族）而异。我们的发现证明了从多样化的DCIS样本中进行RNA测序的可行性和价值。

结论

我们发现了与DCIS中二次乳腺癌事件相关的新转录组改变。我们的结果支持在生物标志物发现过程中纳入种族多样性的生物标本。这些发现需要在独立队列中得到验证。这些分子见解有潜力改进风险预测工具，并为DCIS的管理提供依据。

背景

被诊断为导管原位癌（DCIS）的黑人女性患二次乳腺癌事件（SBEs）的风险显著更高，这包括同侧和對侧复发，但在分子生物标志物研究中，她们与非西班牙裔白人女性相比，代表性仍然不足。

方法

我们对“存档乳腺组织资源”（Resource of Archival Breast Tissue）队列中的200个DCIS样本进行了RNA测序，其中33%的样本来自自我报告为黑人的女性。我们将转录组数据和临床数据相关联，以识别SBEs的预测因子。在1999年至2019年间发生SBEs的病例（n = 100）与对照组（n = 100）按照年龄、种族和切除边缘状态进行了1:1匹配，这些对照组在相同随访期间未出现任何事件。RNA测序使用Illumina NovaSeq 6000平台完成，从200个样本中的141个样本中获得了高质量的转录组谱型（包含13,460个蛋白质编码基因）。通过差异基因表达和通路分析来识别SBE风险的分子预测因子。

结果

主成分分析表明，转录组变异与种族和随访持续时间相关。四个基因CHGB、RBM20、SYP和SYNJ2BP与同侧SBEs显著相关（FDR P值 < 0.05）。与对照组相比，干扰素-α信号通路在DCIS病例中富集最为显著。基因特征因复发部位（例如對侧SBEs）和协变量（包括自我报告的种族）而异。我们的发现证明了从多样化的DCIS样本中进行RNA测序的可行性和价值。

结论

我们发现了与DCIS中二次乳腺癌事件相关的新转录组改变。我们的结果支持在生物标志物发现过程中纳入种族多样性的生物标本。这些发现需要在独立队列中得到验证。这些分子见解有潜力改进风险预测工具，并为DCIS的管理提供依据。