中国野生中华绒螯蟹（Eriocheir sinensis）在不同河流流域的人口结构及全基因组适应性分化

《BMC Genomics》：Population structure and genome-wide adaptive differentiation of wild Chinese mitten crab (Eriocheir sinensis) across river basins in China

　　

摘要

中华绒螯蟹（Eriocheir sinensis）是中国水产养殖中具有重要商业价值的水产品种，但其野生种群的遗传结构至今尚未得到充分了解。本研究从辽河（LH）、鸭绿江（YLJ）、黄河（HH）、长江（包括安庆段（YZA）和太兴段（YZT））、瓯江（OJ）、闽江（MJ）以及北斗河（BLH）流域共采集了240份野生E. sinensis样本，以探讨其野生种群的遗传结构。通过基因组测序（GBS）技术和严格的质量筛选，共检测到3,120,408个高质量的单核苷酸多态性（SNP）位点。主成分分析（PCA）表明，BLH和MJ种群形成了独立的聚类，而OJ、YZA、YZT、HH、LH和YLJ种群则呈现松散的聚类状态。系统发育树和群体遗传结构分析结果显示，中国南部的BLH河种群是中华绒螯蟹原生分布范围内唯一具有显著遗传差异的群体，而北部种群（HH、LH和YLJ）则表现出较强的基因流现象，说明其基因交流更为频繁。此外，地理上相邻的种群间的基因流较为活跃，而地理上相距较远的种群间的基因流则相对较弱。进一步的选择性扫射分析（selective sweep analysis）在代表性的南部和北部种群（BLH和LH）中发现了受到强烈自然选择影响的基因，这些基因主要参与转录调控、代谢与运输、应激响应与损伤修复以及信号传导等功能。总体而言，本研究为中国不同河流流域中野生E. sinensis的遗传资源提供了全面的了解，为该物种的保护和种质资源开发奠定了基础。