整合的DNA和RNA分析方法能够更精细地对胆管癌患者的预后进行分层评估，这一评估过程不依赖于治疗方案的可执行性

《BMC Cancer》：Integrated DNA and RNA profiling refines prognostic stratification independent of therapeutic actionability in cholangiocarcinoma

　　```

摘要

背景

胆管癌（CCA）表现出明显的生物学异质性。尽管基因组分析可以识别出可靶向的变异，如FGFR2融合和IDH1突变，但转录组分析却揭示了不同的免疫、增殖和间充质特征。这些基因组和转录组特征如何共同影响临床结果目前尚不清楚。

方法

我们在一家三级医疗机构对62名患有肝内和肝外CCA的患者进行了整合的DNA和RNA分析。靶向DNA测序评估了单核苷酸变异、拷贝数改变以及微卫星不稳定性。扩展的RNA测序则分析了基因融合和通路水平的转录组亚型，并研究了这些特征与无进展生存（PFS）和总生存（OS）之间的关联。

结果

在58个接受DNA分析的肿瘤中，最常见的变异是TP53（43.1%）和KRAS（29.3%），其次是IDH1（10.3%，仅限于肝内CCA）。可治疗的变异（IDH1、FGFR2融合、ERBB2扩增、高微卫星不稳定性）在25%的病例中被检测到，并与更长的总生存期相关（67.5个月对比20.8个月；p = 0.0004），这表明治疗效果与肿瘤内在生物学特性有关，而非仅仅与可治疗的变异有关。RNA分析确定了五种转录组亚型：免疫型（21%）、增殖型（18%）、间充质型（42%）、免疫-增殖型（8%）和未分类型（11%）。KRAS-TP53共突变是最强的不良预后因素（38.1个月对比13.2个月；p = 0.0004）。间充质亚型与接受化疗±免疫治疗的患者的较短无进展生存期相关（5.9个月对比17.9个月；p = 0.045），但并未显著影响总生存期。

结论

整合的基因组和转录组分析能够在不考虑治疗效果的情况下更精细地对胆管癌进行预后分层。KRAS-TP53共突变和间充质转录组亚型是可以在常规FFPE组织中检测到的独立高风险标志物。这些特征补充了可治疗的变异信息，有助于患者选择和临床试验设计。

``````

背景

胆管癌（CCA）表现出明显的生物学异质性。尽管基因组分析可以识别出可靶向的变异，如FGFR2融合和IDH1突变，但转录组分析却揭示了不同的免疫、增殖和间充质特征。这些基因组和转录组特征如何共同影响临床结果目前尚不清楚。

方法

我们在一家三级医疗机构对62名患有肝内和肝外CCA的患者进行了整合的DNA和RNA分析。靶向DNA测序评估了单核苷酸变异、拷贝数改变以及微卫星不稳定性。扩展的RNA测序分析了基因融合和通路水平的转录组亚型，并研究了这些特征与无进展生存（PFS）和总生存（OS）之间的关联。

结果

在58个接受DNA分析的肿瘤中，最常见的变异是TP53（43.1%）和KRAS（29.3%），其次是IDH1（10.3%，仅限于肝内CCA）。可治疗的变异（IDH1、FGFR2融合、ERBB2扩增、高微卫星不稳定性）在25%的病例中被检测到，并与更长的总生存期相关（67.5个月对比20.8个月；p = 0.0004），这表明治疗效果与肿瘤内在生物学特性有关，而非仅仅与可治疗的变异有关。RNA分析确定了五种转录组亚型：免疫型（21%）、增殖型（18%）、间充质型（42%）、免疫-增殖型（8%）和未分类型（11%）。KRAS-TP53共突变是最强的不良预后因素（38.1个月对比13.2个月；p = 0.0004）。间充质亚型与接受化疗±免疫治疗的患者的较短无进展生存期相关（5.9个月对比17.9个月；p = 0.045），但并未显著影响总生存期。

结论

整合的基因组和转录组分析能够在不考虑治疗效果的情况下更精细地对胆管癌进行预后分层。KRAS-TP53共突变和间充质转录组亚型是可以在常规FFPE组织中检测到的独立高风险标志物。这些特征补充了可治疗的变异信息，有助于患者选择和临床试验设计。

``````

```