AVITI测序技术对一个包含四代的CEPH/Utah家系进行了分析，结果证实尽管这些基因座的序列复杂性较低，但其突变率仍然很低

《Genome Biology》：AVITI sequencing of a four-generation CEPH/Utah pedigree confirms low mutation rates at homopolymer loci despite their low sequence complexity

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摘要

背景

短串联重复序列（STRs）和同聚物是人类基因组中突变率最高的位点之一。尽管由于复制滑动作用它们被认为具有较高的突变性，但与其他STRs相比，同聚物位点的突变率较低，且几乎不受父亲年龄的影响。这一矛盾现象引发了质疑：是技术限制还是生物学机制导致了这些观察结果。

结果

我们使用Element Biosciences公司的AVITI平台对一个由48人组成的、包含四代人的CEPH/Utah家系进行了基因组测序。与Illumina平台相比，AVITI平台在重复序列上的错误率更低，从而能够在90%的检测到的同聚物中准确识别突变，突变发现数量增加了1.7倍。我们发现每个家系中的三个人组平均有35个新颖的同聚物突变（DNMs），突变率为每個位点每代5.28×10^-5个DNMs，低于二核苷酸的突变率（1.94×10^-4）。大多数DNMs是单个碱基对的扩展或收缩。尽管G/C同聚物仅占同聚物位点的不到1%，但其突变率是A/T同聚物的18倍；相比之下，二核苷酸的高突变率并非由特定的序列 motif 类型导致。通过父源分析发现，78%的同聚物突变来自父亲，但没有观察到显著的父亲年龄效应。

结论

本研究证实，同聚物的突变率较低，且不像其他STRs那样受到明显的父亲年龄影响。我们获得的高质量突变数据表明，这些现象具有生物学本质而非技术因素所致。最后，我们证明了AVITI测序技术能够解析基因组中以前难以研究的区域，将成为研究重复序列突变的强大工具。