ATP13A2分子在调控肝细胞癌肿瘤微环境及预后中的作用的多组学分析

《Cancer Cell International》：Multi-omics analysis of the mechanism by ATP13A2 regulates the tumor microenvironment and prognosis in hepatocellular carcinoma

　　

摘要

背景与目的

肝细胞癌（HCC）是一种全球范围内常见的癌症。大多数HCC患者在疾病晚期才被诊断出来。因此，迫切需要新的生物标志物和治疗方法。

方法

我们采用了eQTL技术，并将检测结果与与衰老相关的基因进行交集分析，最终确定了ATP13A2作为本研究的目标基因。通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）和空间转录组学测序（stRNA-seq）分析了ATP13A2在HCC中的表达及其细胞间通讯情况。随后，我们利用深度学习生存神经网络（DeepSurv）模型构建了一个预测模型。此外，我们还进行了RNA测序（RNA-seq）分析。在体外实验中，通过CCK8实验、细胞伤口愈合实验和流式细胞术分析了ATP13A2在HCC细胞中的潜在功能。

结果

ATP13A2的表达与HCC风险呈正相关。scRNA-seq分析表明，ATP13A2阳性的恶性细胞与肿瘤微环境（TME）细胞的相互作用更为强烈。stRNA-seq分析显示，ATP13A2阳性的恶性细胞在空间上与TME细胞有显著相关性。DeepSurv预测模型结果显示，高风险评分的HCC患者的生存率明显低于低风险评分的患者。体外实验中，ATP13A2的敲减影响了HCC细胞的增殖、凋亡和迁移能力。

结论

ATP13A2基因与肿瘤微环境（TME）密切相关，其高表达预示着较差的预后。ATP13A2有可能作为HCC预后的生物标志物和疗效评估指标，并可能为其治疗提供新的靶点。

图形摘要

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