PRAME基因启动子甲基化和表达在肝细胞癌中的预后价值

《Clinical Epigenetics》：Prognostic value of PRAME gene promoter methylation and expression in hepatocellular carcinoma

　　

摘要

背景

PRAME属于癌-睾丸抗原家族，在多种实体瘤中表现出异常高的表达水平。表观遗传调控在肝细胞癌（HCC）的发展和进展中起着关键作用。特定基因启动子甲基化的改变已被广泛认为是预测癌症风险和评估预后的重要生物标志物。

目的

本研究系统地探讨了PRAME启动子甲基化在HCC中的生物学功能及其临床意义。

方法

利用癌症基因组图谱（TCGA）队列的数据，我们识别了与甲基化相关的预后基因，并研究了PRAME启动子甲基化、其mRNA表达水平、总生存期（OS）以及临床病理特征之间的关联。随后，我们在杭州舒兰医院的独立HCC队列中使用MethylTarget多重基因甲基化检测技术验证了这些发现。为了探讨PRAME在血管侵袭和转移中的潜在作用，我们在组织学和细胞水平上进行了基因本体论（GO）富集分析和基因集富集分析（GSEA）。

结果

对三个HCC队列的分析一致显示，PRAME启动子在肿瘤组织中通常呈现低甲基化状态，这种低甲基化与PRAME mRNA表达升高显著相关。在TCGA和杭州舒兰医院队列中，PRAME启动子低甲基化与更晚期的临床病理特征和更短的OS相关。此外，PRAME启动子甲基化状态与HCC的血管侵袭和远处转移密切相关。进一步的功能分析表明，在PRAME表达较高的组织中，Wnt信号通路和细胞黏附相关通路显著上调，这一发现得到了单细胞RNA测序数据的支持。

结论

PRAME启动子的低甲基化与HCC患者的不良总体生存率、不良临床病理特征、血管侵袭和转移密切相关。它在调节基因表达和促进肿瘤侵袭性方面起关键作用。这些发现表明，PRAME启动子甲基化可能成为评估HCC预后的有前景的表观遗传生物标志物。