基于脚手架（scaffold）的评估指标，用于公平地比较各种分子生成器

《Journal of Cheminformatics》：Scaffold-based evaluation metrics for fair comparison of molecular generators

　　

摘要

分子生成器有助于探索化学空间，以发现具有理想特性的新化合物。然而，由于生成分子的结构多样性和数量庞大，评估其性能仍然具有挑战性。常用的评估指标主要关注化学有效性和新颖性，但这些指标并不能完全体现分子生成的核心目标——即发现新的生物活性化合物。为了解决这一局限性，我们引入了基于支架的评估指标，这些指标通过评价生成器恢复输入集中不存在的生物相关支架的能力来实现公平比较。我们使用了支架恢复分数（RS）、SEt支架多样性（SED）和绝对SEt支架召回率（ASER）等指标来对比几种分子生成器，包括Molpher、DrugEx、REINVENT和基于图的遗传算法。所提出的基于支架的指标为评估和优化分子生成器在实际药物发现场景中的应用提供了一个实用的框架，特别是在设计定向虚拟化学库方面。这些指标作为开源代码可在GitHub仓库中获取，链接为：https://github.com/filvaleriia/scaffold-based-metrics。