缅甸半圈养亚洲象（Elephas maximus）的人口基因组评估：对濒危物种管理和保护的启示

《BMC Genomics》：Population genomic assessment of semi-captive Asian elephants (Elephas maximus) from Myanmar: endangered species management and conservation implications

　　

摘要

背景

基因组学方法可以为濒危物种的遗传健康状况以及长期管理对半圈养种群的影响提供重要见解。亚洲象（Elephas maximus）被列为濒危物种，其在缅甸拥有一个庞大的半圈养种群，这个种群可能 merupakan 一种重要的遗传多样性库。然而，它们的遗传结构、近亲繁殖程度和相关性尚未得到充分研究。

结果

我们迄今为止组装了最大的亚洲象半圈养种群基因组数据集，包括简化表示数据（RADseq，N = 261）和全基因组数据（WGS，N = 64）。杂合性值在野生出生和圈养出生的个体之间没有显著差异。RADseq 和 WGS 数据均显示近亲繁殖程度较低到中等，并且没有证据表明年轻一代的近亲繁殖程度有所增加。种群结构分析确认该种群具有同质性，不存在基于地理的遗传结构，这很可能反映了管理措施以及与野生公象的自然交配行为。人口统计推算表明，从60到30代前开始有效种群规模（Ne）急剧下降，与长期的种群收缩一致，当前的有效种群规模（Ne）估计非常低。相关性分析确定了657对一级或更近的亲属关系，其中包括124对一级亲属。我们还发现了35对此前未记录的父子关系，其中一些雄性具有异常高的繁殖成功率。为了便于未来的监测，我们开发了三个低相关性的信息标记（RIM）面板。最小的面板（274个SNP）以较低的成本提供了足够的分辨率，可以可靠地确定亲缘关系。

结论

我们的研究发现揭示了基因组工具如何揭示了缅甸最大半圈养象种群的遗传后果，强调了持续监测以保护其遗传多样性的必要性。更广泛地说，这项研究表明如何整合WGS和RADseq数据来为半管理种群的保护规划提供信息，并为其他濒危物种提供了可借鉴的方法。