通过对转录组、代谢组和脂质组的综合分析，发现了与猪肉质特性相关的关键基因

《BMC Genomics》：Integrated analysis of transcriptome, metabolome, and lipidome revealed key genes associated with meat quality traits in pigs

　　

摘要

随着人们生活水平的提高，公众对猪肉质量的关注度也越来越高。本研究旨在 identify 影响猪肉质量的关键基因。研究选择了阉割的 Mashen (MS) 猪（6 头，平均体重 112.5 公斤，300 日龄）和杜洛克 × 兰德瑞克 × 约克夏 (DLY) 猪（6 头，平均体重 114.5 公斤，165 日龄）用于屠宰。研究人员采集了它们的长脊肌（LDM）以测定肉质特征并进行组学分析。结果显示，与 DLY 猪相比，MS 猪在肉质颜色、肌肉内脂肪 (IMF) 含量、大理石纹、剪切强度和 pH 值等方面表现出显著优势（p < 0.05）。在 MS 猪和 DLY 猪之间共筛选出了 1330 个差异表达基因 (DEGs)、94 个差异表达脂质 (DELs) 和 185 个差异积累的代谢物 (DAMs)（p < 0.05）。进一步的加权基因共表达网络分析 (WGCNA) 显示，甘油磷脂 (GP) 和甘油脂 (GL) 是影响猪肉质量的关键脂质。此外，通过整合脂质组学和代谢组学数据，发现了影响猪肉质量的“脂质-代谢物强相关对”，例如肉碱衍生物与多种甘油三酯 (TG) 之间存在显著的正相关（|r| > 0.8，p < 0.05）。进一步基于表达丰度和功能注释进行了转录组-代谢组学及转录组-脂质组学的相关性分析，并筛选出了 4 个关键基因集。最后，通过交叉这些关键基因，确定 ALDOB、ASS1、CYP2A13、CYP2E1、DMGDH、PLCB1 和 MAT1A 等 19 个核心基因可能与猪肉质量有关。本研究通过识别与猪肉质量特征相关的关键基因，为进一步探索其分子机制提供了潜在靶点。